chip_seq質量評估之FRiP Score

• 2019 年 12 月 19 日
• 筆記

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chip_seq是研究轉錄因子結合，組蛋白修飾的利器，這項技術雖然經過了很多年的發展，但是由於不同抗體的特異性，不同樣本處理的複雜性，如何保證chip數據的高質量仍然是一個挑戰。為了保證分析結果的可靠性，無論實驗也好，分析也好，都需要一系列的質控指標，以保證最終結果的正確性。

ENCODE團隊進行了大量的chip_seq數據分析，處理過來自人，小鼠等4個物種的超過100種細胞類型，140多種轉錄因子或者組蛋白的chip實驗和分析，積累了豐富的經驗，並最終總結出一份chip_seq指導手冊，文章發表在Genome Research上，鏈接如下

https://genome.cshlp.org/content/22/9/1813.full

在這篇文章中從實驗到數據分析都給出了很多的參考建議，本文主要討論的是FRip Score這個質控指標。FRiP指的是fraction of all mapped reads that fall into peak regions. 代表peak區域內reads的比例，peak區域內的reads是抗體富集的序列，其他區域的序列是背景噪聲。

只有mapping到基因組上的reads才會進行後續分析，所以直接用peak區域reads數目除以所有mapping基因組的數目，就得到了FRiP Score。Encode團隊發現FRip Score和peak的個數存在正相關關係，結果如下

對於不同的轉錄因子chip數據，peak的個數不同，總體的趨勢來看，peak的個數越多，FRiP Score的值越大。在Encode的chip數據集中，有80%左右的FRiP Score值都超過了1%，所以將1%看做是一個衡量chip實驗的軟標準。

之所以稱之為軟標準，是因為FRiP score低於1%並不能直接說明chip實驗是失敗的，高於1%也不能直接說明chip實驗就是成功的。在ZNF274和RNA III型聚合酶的chip實驗中，peak的個數很少，FRiP score的值也小於1%；在CTCF等轉錄因子實驗中，FRiP score的值又遠大於1%。

所以說FRiP score值是和特定的轉錄因子或者組蛋白修飾相關，在研究特定轉錄因子時，參考別人已經發表的數據中的FRiP Score作為衡量標準是更好的，在沒有參考的情況下，可以用1%的閾值來作為一個軟標準，為chip實驗的質量提供一個參考。當peak個數的大於1000時，1%這個標準的效果還是比較好的，有相當大的參考意義。

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