Magic-BLAST簡單介紹
- 2020 年 3 月 3 日
- 筆記
之前看論文從全基因組重測序數據中提取葉綠體的reads會使用blast，自己一直在想如何具體實施，原來blast有一款工具專門在做這個事情的 —— Magic-Blast Magic-Blast is a tool for mapping large next-generation RNA or DNA sequencing runs against a whole genome or transcriptome. The reference genome or teanscriptome can be given as a Blast database or a Fasta file. it is preferable to use Blast database for large genomes, such as human, or transcript collections. The full list of options is listed when you use
-helpoption. 論文題目、發表期刊及發表時間 Magic-BLAST, an accurate DNA and RNA-seq aligned for long and short reads 好像還沒有發表，自己是在bioRxiv上找到的論文 first posted online Aug. 13, 2018 doi: http://dx.doi.org/10.1101/390013
參考資料
- https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2018/08/22/magic-blast-accurate-dna-rna-seq-aligner/ 介紹
- https://ncbi.github.io/magicblast/ 幫助文檔
下載地址
- ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/magicblast/LATEST 直接解壓出來就是兩個可執行程式
基本的使用方法
- 1、構建資料庫
makeblastdb -in Malus_baccata.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out Malus_baccata
-in 參考序列 -dbtype 數據類型：核苷酸和蛋白質可選 -parse_seqids 暫時還沒搞懂這個參數的意思 -out 資料庫的名稱
- 2、比對
# 默認輸入文件為fasta格式 # 單個fasta文件 magicblast -query reads.fasta -db Malus_baccata # 兩個fasta文件 magicblast -query reads.fasta -query_mate mates.fasta -db Malus_baccata # 如果輸入文件為fastq格式 magicblast -query reads.fastq -db Malus_baccata -infmt fastq # 雙端數據 magicblast -query reads_R1.fastq -query_mate reads_R2.fastq -db Malus_baccata -infmt fastq
- 3、Splicing可變剪切 By default, Magic-BLAST aligns RNA reads to a genome and reports spliced alignmets.
- 4、多執行緒
-num_threads參數
magicblast -query reads.fasta -db genome -num_threads 10
