Magic-BLAST简单介绍
- 2020 年 3 月 3 日
- 笔记
之前看论文从全基因组重测序数据中提取叶绿体的reads会使用blast，自己一直在想如何具体实施，原来blast有一款工具专门在做这个事情的 —— Magic-Blast Magic-Blast is a tool for mapping large next-generation RNA or DNA sequencing runs against a whole genome or transcriptome. The reference genome or teanscriptome can be given as a Blast database or a Fasta file. it is preferable to use Blast database for large genomes, such as human, or transcript collections. The full list of options is listed when you use
-helpoption. 论文题目、发表期刊及发表时间 Magic-BLAST, an accurate DNA and RNA-seq aligned for long and short reads 好像还没有发表，自己是在bioRxiv上找到的论文 first posted online Aug. 13, 2018 doi: http://dx.doi.org/10.1101/390013
参考资料
- https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2018/08/22/magic-blast-accurate-dna-rna-seq-aligner/ 介绍
- https://ncbi.github.io/magicblast/ 帮助文档
下载地址
- ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/magicblast/LATEST 直接解压出来就是两个可执行程序
基本的使用方法
- 1、构建数据库
makeblastdb -in Malus_baccata.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out Malus_baccata
-in 参考序列 -dbtype 数据类型：核苷酸和蛋白质可选 -parse_seqids 暂时还没搞懂这个参数的意思 -out 数据库的名称
- 2、比对
# 默认输入文件为fasta格式 # 单个fasta文件 magicblast -query reads.fasta -db Malus_baccata # 两个fasta文件 magicblast -query reads.fasta -query_mate mates.fasta -db Malus_baccata # 如果输入文件为fastq格式 magicblast -query reads.fastq -db Malus_baccata -infmt fastq # 双端数据 magicblast -query reads_R1.fastq -query_mate reads_R2.fastq -db Malus_baccata -infmt fastq
- 3、Splicing可变剪切 By default, Magic-BLAST aligns RNA reads to a genome and reports spliced alignmets.
- 4、多线程
-num_threads参数
magicblast -query reads.fasta -db genome -num_threads 10
