精選|2018年7月R新包推薦

  • 2019 年 10 月 8 日
  • 筆記

作者 | Joseph Rickert

翻譯 | 黃小偉，先後從事遊戲、社交及金融數據研究及應用，目前就職於網易杭州

來源 | 公眾號：R語言中文社區

7月份，大約有251個R新包收錄於CRAN。除7月份新包數量遠超6月份之外，R新包的品質和多樣性上也有明顯的進步。比如tropicalSparse，抽象數學研究與分析；eChem，分析化學方向的研究應用。

以下是節選的40個R新包，主要包括十個類別：計算方法、數據、經濟、機器學習、數學、科學、統計學、時間序列、工具和可視化。

一. 計算方法

1. osqp: 提供了與OSQP求解器的綁定（數值優化）, 用於求解基於C語言編寫的凸二次型程式.

2. sundailr: 提供一種在SUNDIALS中調用函數的方法.

二. 數據

1. fredr: 支援在R中獲取美聯儲經濟數據 (FRED)，並進行相關分析與研究.

2. jstor: 提供導入元數據、ngrams和全文的功能，進行研究分析.

3. rLandsat: 提供使用Development Seed和美國地質調查局構建的API搜索和獲取Landsat數據的功能.

4. weathercan: 提供從加拿大環境和氣候變化網站下載歷史天氣數據的工具，可以在特定日期範圍內從多個工作站下載數據，並自動處理為單個數據集.

三.經濟

1. beezdemand: 支援在行為經濟需求研究中進行的分析，包括Stein等人(2015)提出的數據篩選和模型擬合等多種方法.

2. sgmodel: 對於用戶給定的參數，提供計算通用隨機增長模型解的函數.

四. 機器學習

1. bigdatadist: 提供函數來計算概率、曲線樣本的熵、函數數據的距離和深度度量以及高維數據的廣義馬氏核距離.

2. L0Learn: 提供了一個優化的工具包，用於近似解決L0規則化的學習問題.

五. 數學

1. tropicalSparse: 通過應用稀疏矩陣存儲技術，實現了稀疏矩陣的一些基本熱帶代數計算功能.

六. 科學

1. eChem: 提供用於分析化學課程的工具，函數模擬循環伏安法、線性掃描伏安法、單脈衝和雙脈衝計時安培法、以及利用Brown(2015)中概述的隱式有限差分法進行計時比例尺實驗.

2. RaceID: 利用Herman、Sagar和Grun D.的StemID2演算法，實現細胞類型推斷和譜系樹預測(2018).

3. updog: 實施經驗貝葉斯方法，從下一代測序數據中對多倍體進行基因分型，同時考慮等位基因偏差、過度離散和測序錯誤.

七.統計學

1. adaptMT: 實現了自適應的p值閾值(AdaPT)，包括一個允許用戶指定任何演算法來學習本地錯誤發現率的框架、以及一個實現特定演算法的便捷函數池.

2. biglmm: 針對無法直接載入進記憶體的數據，提供回歸模型構建的功能.

3. circumplex: 提供用於分析和可視化循環數據的工具，包括Zimmermann＆Wright(2017)的自舉結構匯總方法的概括、以及從結果中創建出版物表和數字的功能.

4. MultiFit: 提供測試兩個隨機向量的獨立性的功能.

5. PHEIndicatormethods: 支援使用制定英國公共衛生指標(如通過指尖提供的指標)的方法，計算常用的公共衛生統計數據及其置信區間.

6. robmixglm: 使用混合方法實現穩健的廣義線性模型（GLM）,如Beath（2018）中所述.

7. SingelCaseES: 提供計算單個案例設計中基本效應指數的功能，包括幾個非重疊測量和參數效應大小測量、以及用於估計Swan和Pustejovsky(2018)開發的漸進效應模型等.

8. spCP: 實現具有獨特截距、斜率、方差截距和斜率以及每個位置均為變化點的空間變點模型.

9. TDAstats: 提供拓撲數據分析工具集，特別是計算Vietoris-Rips複合體中的持久同源性.

八.時間序列

1. rollRegress: 實現快速滾動和擴展線性回歸模型的方法.

九.工具

1. anyLib: 提供從CRAN、Bioconductor和GitHub安裝、載入包列表的功能.

2. dbx: 提供選擇、插入、更新和刪除數據操作的功能，目前支援的資料庫主要

有PostgreSQL, MySQL, SQLite.

3. envnames: 提供函數來跟蹤用戶定義的環境名，其無法使用基本R函數environmentName()進行檢索。這個包中的主函數environment_name()將環境的名稱作為參數返回.

4. librarian: 提供在單個函數調用中自動安裝、更新和載入CRAN和GitHub上R包的函數.

5. makeParallel: 提供自動將串列R程式碼轉換為更高效的並行版本的功能.

6. metaDigitise: 提供從研究論文中的已發表數據中提取、匯總和數字化數據的功能.

7. RSuite: 提供一組與R Suite一起使用的工具，用於開發數據科學工作流程.

十.可視化

1. ceterisParibus: 提供在特徵空間中的選定點周圍創建「假設？」模型響應圖的功能.

2. cytofan: 在ggplot2中實現細胞計數數據的可視化展示.

3. fingertipscharts: 針對英國Fingertips站點上提供的公共健康數據，支援可視化的優化.

4. ggvoronoi: 藉助deldir和ggplot2，提供函數創建、操作和可視化沃龍諾依圖.

說明：限於個人水平，錯誤之處難免，煩請批評指正，共同交流~

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