首個阿爾茨海默症單細胞轉錄組分析

• 2020 年 3 月 27 日
• 筆記

文章資訊

本期是新鮮出爐的單細胞轉錄組文章，而且是研究持續大熱了幾十年的阿爾茨海默症，文章發表於Nature. 2019 May 1. doi: 10.1038/s41586-019-1195-2. 標題非常簡練：Single-cell transcriptomic analysis of Alzheimer's disease.

測序數據介紹

使用的是 droplet-based single-nucleus RNA-seq (snRNA-seq) 技術，對48個不同阿爾茨海默症進展期的患者的prefrontal cortex區域的總計8萬多單細胞進行了單核轉錄組測序，仍然是 10x產品。

數據分析情況

比對:hg38 genome (GRCh38.p5 (NCBI:GCA_000001405.20) using CellRanger software (2.0.0 version) (10xGenomics).

細胞平均測序量不到1.5K的reads，跟10X產品宣傳的15K差距不是一點點啊。

細胞過濾：檢測到的基因數量，測序reads量，top50表達量基因的佔比，線粒體基因的reads數量，最後的表達矩陣是 17,926 genes profiled in 75,060 nuclei.

聚類分析：使用的是scanpy包對表達矩陣進行歸一化，挑選3,188 高變化基因，使用top10的PC進行分類，初步分類是：20 pre-clusters with a median number of 2,990 cells, ranging from 413 to 15,900 cells

類別定義，通過兩個參考文獻對聚類後的結果進行命名！

表達矩陣可以下載：https://www.synapse.org/#!Synapse:syn18485175

主要分群情況

主要分成6大類，如下，還互相之間找差異基因：