如果這個R包真的不存在了腫么辦

• 2019 年 10 月 5 日
• 筆記

有學員看了我們的甲基化晶片教程(大概是兩年前)，想跟著程式碼來跑自己的數據，但是卡在安裝R包上面，就是一個很簡單的注釋包(IlluminaHumanMethylation450k.db)，注釋我們甲基化晶片設計的探針到對應的基因組坐標。

報錯資訊如下：

BiocManager::install('IlluminaHumanMethylation450k.db')  #Bioconductor version 3.9 (BiocManager 1.30.4), R 3.6.1 (2019-07-05)  #Installing package(s) 'IlluminaHumanMethylation450k.db'  #Update old packages: 'boot', 'foreign', 'nlme'  #Update all/some/none? [a/s/n]:    #The downloaded binary packages are in  #/var/folders/tw/1zmf20b95k9f8k36bf_rlzkh0000gn/T//Rtmpxz3UuA/downloaded_packages  #Warning message:   # package 'IlluminaHumanMethylation450k.db' is not available (for R version 3.6.1)  

這是一個大名鼎鼎的 is not available 錯誤，翻譯成為中文，就是你想安裝的包在指定的R或者bioconductor版本裡面不存在。學員來求助於我，下意識的我會檢查他的R或者bioconductor版本，然後看是不是R包名字輸入錯誤。

版本是：Bioconductor version 3.9 (BiocManager 1.30.4), R 3.6.1 (2019-07-05) 看起來沒有問題，R包名字我也Google搜索了：https://www.bioconductor.org/packages//2.12/data/annotation/html/IlluminaHumanMethylation450k.db.html

但是我注意到了一行字：

Home Bioconductor 2.12 Annotation Packages IlluminaHumanMethylation450k.db  IlluminaHumanMethylation450k.db  This package is for version 2.12 of Bioconductor; for the stable, up-to-date release version, see IlluminaHumanMethylation450k.db.  

也就是說，這個包是被刪除了，在 https://bioconductor.org/about/removed-packages/ 可以看到是很早之前，就被刪除了。

如何安裝被移除的R包呢

這個其實跟我之前講解的如何安裝舊版R包有異曲同工之妙。

留給讀者解決吧，相信你粉了我們生信技能樹這麼久，這一點實力，還是可以有的！