conda第一步,你確定安裝成功了嗎?
- 2019 年 10 月 4 日
- 筆記
conda的下載和安裝見conda或者見生信技能書推文conda管理生信軟體一文就夠 安裝軟體結束後,會出現三個done 但是也只能說明軟體安裝正常結束,但是不能說明軟體能正常使用。 尤其有些需要調py的一些包的時候,會出錯,或者python版本不兼容,在使用軟體的時候,軟體即會出現異常報錯。
因此,這篇博文是為了你用conda安裝常見軟體後,如何確定軟體安裝正常可被使用!
安裝列表
bwa gatk4 sra-tools fastqc trim-galore star hisat2 bowtie2 subread htseq multiqc samtools
安裝方法
參考上面conda安裝,這裡直接push程式碼,就當回顧一下~
# 配置過鏡像後,家目錄下有一個.condarc文件,內容如下 $ cat ~/.condarc channels: - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free - defaults show_channel_urls: true $ conda create -n rna python=2 -y $ source activate rna $ conda install -y sra-tools # 默認裝軟體最新版
安裝每一個軟體和調取幫助文檔
安裝成功出現三個done + 成功調取這個軟體的幫助文檔=軟體安裝成功 問題是我怎麼知道出來的幫助文檔是對的,而不是報錯??!!! 一般情況下,幫助文檔的格式都是很統一的,左面是參數,右面是參數的英文解釋,而且格式看著很整齊!一般為兩列! 如果報錯了,出來的內容不同於上面的資訊,很亂,還會出現ERROR、NOT、exception等,但重點是你運行該軟體的程式碼的時候,軟體不能運行成功!!!! 每一款軟體調用幫助文檔的方式不同,這又給初學者帶去了困擾,具體查看下面程式碼,希望能幫到你~
# 第一步別忘了激活環境 $ source activate rna # 安裝sra-tools # 從ncbi下載sra,轉化sra文件為fq # conda安裝sra-tools $ conda install -y sra-tools # 調取該軟體的命令的幫助文檔,下面兩句是重點 $ prefetch --help $ fastq-dump --help $ which prefetch # 運行結果示例如下 # /home/qmcui/miniconda2/envs/rna/bin/prefetch # 可以看到這個命令確實你剛裝的,而且存在於rna的小環境內bin的目錄下 # 也可以不運行which這個命令~,但是當你軟體報錯的時候,你就要知道這個命令到底是裝在哪裡的~,就可以which一下! # 後面格式同上 $ conda install -y bwa bwa $ conda install -y gatk4 gatk $ gatk Tool --help $ conda install -y fastqc fastqc --help $ conda install -y trim-galore cutadapt trim_galore --help $ conda install -y star STAR --help $ conda install -y hisat2 hisat2 -h # 等同於hisat2 --help $ conda install -y bowtie2 bowtie2 --help $ conda install -y subread featureCounts $ conda install -y htseq htseq-count --help $ conda install -y multiqc multiqc --help $ conda install -y samtools samtools which samtools # /home/qmcui/miniconda2/envs/rna/bin/samtools
寫在最後的小技巧
1 如果我不知道我是不是安裝過該軟體,怎麼辦? 樹曰:
- 那就在運行一次安裝唄,沒關係,比如conda install -y htseq,結果如下,會出現「# All requested packages already installed.」。說明你已經安裝過了,而且版本識最新版本了,conda就不會給你裝了。
- 也有一種情況,如果軟體被更新了,conda會繼續給你裝一個最新版本,如果你介意兩個版本的軟體分析的結果,請不要更新~,那就意味著你不能運行conda install的安裝程式碼了,那怎麼辦?
- 那麼就得直接回答上面的問題,查看這個軟體的幫助文檔,如果存在,which後,證明環境里確實已經安裝,那麼版本號怎麼找,一般會在–help內看到該命令/軟體的版本號,特殊的找不到的話,需要搜索咯
- 如果你還想問,我想知道鏡像里這個軟體有沒有更新,我都知道兩種方法,比如conda search 軟體名查看最新軟體版本,比較一下~
- 提示你更新conda,你可以不更新
$ conda install -y htseq Solving environment: done ==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.5.11 latest version: 4.6.11 Please update conda by running $ conda update -n base -c defaults conda # All requested packages already installed.
2 安裝過一款軟體,我特別想知道他都載入了環境什麼命令,能不能從伺服器上查詢到,這樣的話我就不用記住安裝過哪個軟體,需要調取哪個命令的幫助文檔啦???
樹曰:
這個方法是有的,如果你上來就先看的這個問題,前面那麼多的調取幫助文檔的方法你都不用看了,甚至於這篇博文也不用看了,好尷尬,白寫了,哈哈哈哈哈哈
前提,前提是你能找到下面圖內的路徑
# 這個路徑肯定是自己的路徑,需要替換 $ cd /home/qmcui/miniconda2/envs/rna/bin $ ls -trlh # 每次安裝一個軟體,最新時間戳生成的命令就是那個軟體載入到環境內的命令!
備註:有沒有一種情況,你已經裝過了,時間戳也沒了,怎麼辦,那你卸載了,重新裝一遍唄!哈哈哈