這個網站提供了多種數據分析工具——增強子，非編碼RNA轉錄資訊等

2019 年 12 月 13 日
筆記

今天給大家介紹一個在線工具

網址:http://www.licpathway.net/

該工具由哈爾濱大學開發的，該團隊通過結合系統生物學、計算生物學和生物資訊學方法來分析與疾病相關的途徑。對疾病代謝途徑的識別、藥物相關途徑的分析和患者生存預測。在高通量轉錄組學、基因組學和代謝組學、計算代謝網路分析和分子生物學方法方面，採用獨特的生物資訊學方法組合。下面是他們開發的6個工具：

SEdb

超級增強子是一類具有增強相關染色質特徵的轉錄活性增強子。與典型的增強子相比，超級增強子體積更大，表現出更高的轉錄因子密度，並且常常與控制體細胞狀態和分化的關鍵系特異性基因相關。

SEdb是一個全面的人類超級增強器資料庫(SEdb，http://www.licpathway.net/sedb)，提供關於人類超級增強器的大量可用資源。用超級增強子在基因調控中的潛在功能對資料庫進行注釋。SEdb的當前版本記錄了來自542個樣本的總共331，601個超級增強劑。此外，SEdb提供了關於超級增強子的詳細遺傳和表觀遺傳注釋資訊。資訊包括共同的SNP，基序變化，表達數量性狀位點(EQTL)，風險SNP，轉錄因子結合位點(TFBS)，CRISPR/Cas9靶位點和DNase I超敏位點(DHSS)，用於深入分析超級增強子。SEdb將有助於闡明超級增強子相關功能並發現潛在的生物學效應。

SEanalysis

SEanalysis包含來自540多種類型的細胞/組織的超過33萬個SE，從這些細胞/組織生成的5042TF chip-seq數據，用於∼700人TF的DNA結合序列基序和來自10個資料庫的2880條途徑。SEanalysis支援通過Se、Samples、TF、路徑或基因進行搜索。由這些因素形成的複雜的調控網路可以互動式地可視化。此外，SEanalysis是一個可訂製的基因組瀏覽器，該伺服器可在http://licpathway.net/SEanalysis.免費獲得

TRlnc

人類轉錄調控的綜合資料庫lncRNA(TRlnc:http://www.licpathway.net/TRlnc)，收集了大量可用的lncRNA轉錄調控區資源，並注釋和說明它們在細胞類型特異性方式中在lncRNA調控中的潛在作用。當前版本的TRlnc包含8683028個典型增強子/超級增強子和32348244個與91906人lncRNA相關的染色質可及區。這些區域是從900多個人類H3K27ac晶片-seq，atac-seq和dNase-seq樣本中鑒定出來的。此外，TRlnc提供了lncRNA轉錄調控區(啟動子、增強子/超級增強子和染色質可及區)的詳細(Epi)遺傳資訊，包括普通SNP、風險SNP、eQTL、連鎖不平衡SNP、由模體預測的TF、由CHIP-SEQ鑒定的TF、450K陣列的甲基化位點、全基因組鳥槍式亞硫酸氫鹽測序的甲基化位點，組蛋白修飾和3D染色質相互作用，特別是支援來自7000多個TF chip-seq樣本的與轉錄調節區結合的TF的展示。此外，TRlnc整合了來自多個來源的表達、疾病和與lncRNA相關的miRNA。

TRCirc

TRCirc(http://www.licpathway.net/TRCirc))為CircRNA的轉錄調控資訊的高效檢索、瀏覽和可視化提供了一種資源。TRCirc的當前版本記錄了來自100多種細胞類型的92375個circRNA和161個轉錄因子(TF)，它們共同代表了超過765000個TF-circRNA調節關係。此外，TRCirc還提供了關於circRNA轉錄的其他調控資訊，包括它們的表達、甲基化水平、調節區中的H3K27ac訊號以及與circRNA相關的超級增強子。TRCirc提供了一個方便的、用戶友好的介面來搜索、瀏覽和可視化關於這些circRNA的詳細資訊。

KnockTF

TF敲除/敲除的全面的人類基因表達譜資料庫(KnockTF)，該資料庫提供了與TF敲除/敲除相關的人類基因表達譜數據集的大量可用資源，並以組織/細胞類型特定的方式注釋TF及其目標基因。當前版本的KnockTF具有570個手動策劃的RNA-seq和微陣列數據集，這些數據集與通過不同敲除/敲除技術和跨多種組織/細胞類型而中斷的308個TF相關聯。KnockTF不僅提供感興趣的TF的目標基因的全面基因表達資訊，而且收集TF的上游通路資訊和下游目標基因的各種功能注釋和分析結果，包括GSEA、GO富集、KEGG通路富集、層次聚類分析和差異表達分析。KnockTF進一步提供了與靶基因的啟動子、超級增強子和典型增強子結合的TF的詳細資訊。此外，還構建了TF差異表達基因網路，並用於對感興趣的基因集進行網路分析，如子網路定位、拓撲分析和超幾何富集。KnockTF將有助於闡明TF相關功能並挖掘潛在的生物學效應。

ENDB

ENDB當前發布的文獻737份經實驗驗證的增強子及其相關資訊，包括384個靶基因，263個TF，110種疾病和人類和小鼠中的153種功能。此外，增強子相關資訊得到了實驗證據的支援，如RNAi，體外敲除，western blotting，qRT-PCR，熒光素酶報告實驗，染色質構象捕獲(3C)和染色體構象捕獲晶片(4C)分析。ENDB提供了一個用戶友好的介面來查詢、瀏覽和可視化增強器的詳細資訊。該資料庫可在以下網址獲得：