HACER:human增强子数据库
- 2019 年 12 月 19 日
- 笔记
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大多数的增强子数据库利用chip_seq,DNase_seq和CAGE_seq的数据来鉴定增强子, HACER则通过GRO_seq和PRO_seq来分析增强子RNA，从而达到鉴定已经激活的增强子的目的。对应的文章发表在Nucleic Acids Research上，链接如下
https://academic.oup.com/nar/article/47/D1/D106/5106142
与其他增强子数据相比较的情况示意如下
该数据库的网址如下
http://bioinfo.vanderbilt.edu/AE/HACER/
对于鉴定到的增强子区域，该数据库同样提供了以下3种调控关系
- TF-Enhancer
- Enhancer-target gene
- Enhancer-promoter
同时对于增强子对应的基因组区域，还提供了该区域内的GWAS SNP和eQTL 变异位点信息，图示如下
由于增强子的组织和细胞特异性，在该数据库中通过Browser菜单，可以浏览不同细胞系中的增强子信息，示意如下
勾选感兴趣的细胞系前的单选框进行查看，以GM12878为例，检索结果示意如下
点击增强子ID,可以查看详细信息, 以AE_hg19_GM12878_20878`为例，结果如下所示
1. Basic
2. TF binding
3. Target Gene
4. GWAS
5. eQTL
该数据库中的信息是免费下载的，通过该数据库，可以方便的探索增强子，TF, 基因的调控网络，还可以结合突变信息，将基因组和转录调控多层次，多组学的数据结合起来使用，对于探究具体的机制提供更多的参考信息。
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