骨髓基质在动态平衡和白血病中的细胞分类

  • 2020 年 3 月 30 日
  • 笔记

呐，等你关注都等出蜘蛛网了~

当你的才华还撑不起你的野心时，请潜下心来，脚踏实地，跟着我们慢慢进步。不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了，通过文献速递这个栏目很幸运聚集了一些小伙伴携手共进，一起成长。

文献速递栏目通过简短介绍，扩充知识面，每天关注，希望你也能有所收获！

文章信息

今天给大家介绍的是Cell最新的有关单细胞的文章，文章发表于2019年4月，题目是：A Cellular Taxonomy of the Bone Marrow Stroma in Homeostasis and Leukemia.

测序数据介绍

使用的是10Xgenomics技术，对14只正常C57BL/6小鼠和若干只白血病模型小鼠的骨髓中的基质进行了单细胞转录组测序。

数据分析情况

  • 比对：version mm10 with the Cellranger toolkit(version 2.0.1,10XGenomics);
  • 细胞过滤：细胞少于500detected genes将被过滤掉；
  • 降维分析：作者应该使用的是Seurat包的官方流程版，top50PCA components;后期作者也使用了Scanpy包的聚类分析；
  • 亚群聚类：PCA+tSNE,应用Louvain Method进行基于图的聚类；
  • 矩阵下载：GEO(GSE128423)

主要分群情况

正常小鼠骨髓基质的细胞分类：

白血病小鼠骨髓基质的细胞分类：

临床意义

我们的基质细胞普查现在可以更清晰，更一致地定义特定基质细胞对体内平衡和异常造血功能的影响，并为血液系统疾病中的基质靶向治疗奠定基础。 它还为肿瘤进化提供了实验证据，其中实质和基质元素之间的交叉通信可能影响癌症的出现。

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