raw文件转mha文件

• 2019 年 11 月 13 日
• 笔记

raw格式

在体数据（volume）中，经常会遇到raw文件，raw文件就是其实就是所有体素组成的文件，raw文件必须还有一些描信息才能用（因为得知道数据的size，type，spacing等），就像.mhd文件是对raw文件的一个描述。在医学数据处理中，经常使用mha文件格式来对数据进行处理，因为mha文件格式比较简单，而且包含了所有的基本图像信息（之前一篇有简单介绍）。所以本文要介绍将raw格式的文件转为mha格式。其实也不一定是raw文件，因为不论是什么后缀名，数据的内容都不会变化。

代码

import SimpleITK as itk  import numpy as np  import os      def raw2mha(inpath,outpath,size,spacing,intype='uint16',outtype='uint16'):      """      parameter:      inpath:raw file path      outpath:raw out file path      size:raw file size(z,y,x) such as (94,256,256)      spacing:raw file pixel spacing.      intype:raw file data type,default is uint16      """      #利用np从文件读取文件      data = np.fromfile(inpath,dtype=intype)      #reshape数据，这里要注意读入numpy的时候，对应是(z,y,x)      data = data.reshape(size)      #设置输出时的数据类型      data = data.astype(outtype)      #转成itk的image      img:itk.Image = itk.GetImageFromArray(data)      #设置pixel spacing      img.SetSpacing(spacing)      #输出文件      s = itk.ImageFileWriter()      s.SetFileName(outpath)      s.Execute(img)    def main():      filepath = "test.raw"      datatype = 'uint16'      size = (94,256,256)      spacing = (0.97,0.97,2.5)      outname = "test.mha"      raw2mha(filepath,outname,size,spacing,datatype)    if __name__ == "__main__":      main()

git

博主建立了一个git库，会把平时用的，觉得可以复用的医学数据处理的代码放进去，现在还很空，慢慢积累吧。https://github.com/MangoWAY/medicalImageScriptDemo