乾貨預警：3分鐘搞定GO/KEGG功能富集分析（2）

• 2019 年 10 月 6 日
• 筆記

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Step1：

打開DAVID官網：https://david.ncifcrf.gov/

點擊左側功能菜單：Functional Annotation

進入到如下頁面中，頁面中的紅框中就是進行分析所用的主要操作區域。

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Step2：

進入分析頁面後，通過如下三步即可完成分析：

提交基因列表->選定提交列表類型->開始分析

具體操作如下：

(1) 在「Enter Gene List」中上傳基因列表，格式是每行一個基因。按照DAVID的要求，總的基因個數不得超過3000個。

(2) 在「Select Identifier」中選擇上傳的基因類型，因為我們上傳的是基因名(Gene Symbol），所以在下拉菜單中選擇「OFFICIAL_GENE_SYMBOL」（下拉菜單比較長，可能不太好找，keep patient ~）

(3) 在「List Type」中有兩個單選框，我們統一選擇「Gene List」這一項。

(4) 點擊「Submit List」即可。

點擊「Submit」提交基因列表之後，經過幾秒鐘的等待，如果分析順利，就會彈出下面一個提示（如下圖左所示）：Please note that multiple species have been detected in your gene list. 這句話的意思就是在我們提交的基因列表中檢測到多個物種，需要我們選擇相應的物種。怎麼選擇物種？點擊彈出框中的「確定」，然後在「List」中的選擇相應的物種，這裡我們選擇「Homo sapiens」，並點擊下方的「Select Species」即可。

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Step3：

操作完成後，就可以得到如下圖所示的分析結果。紅框所示摺疊框中分別就是GO（包括BP，CC和MF，還記得這三個分別是什麼嗎？不知道的話請參考我們上次的文章 3分鐘了解GO/KEGG功能富集分析 ）和KEGG的結果。

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Step4：

做完了分析，我們就來看看如何提取結果，並實現結果的可視化吧。如下圖所示，在功能富集分析的結果中有多個摺疊欄，其中Gene_Ontology (3 selected)這一摺疊欄中有三個欄目(藍框)：GOTERM_BP_FAT、 GOTERM_CC_FAT、 GOTERM_MF_FAT就是是我們想要的GO功能富集分析結果。而Pathways (3 selected)裡面有一個KEGG_PATHWAY(藍框)就是我們想要的結果。如何找到BP、CC、MF和KEGG對應的詳細結果呢？點擊每個欄目後面的「Chart」即可(綠框所示)。

點擊「Chart」之後，即可出現如下圖所示的結果，這裡面有幾列數據分別是：Category、Term、RT、Genes、Count、%、P-Value和Benjamini。這幾列數據中我們比較關心的是：Term（GO語義）和P-Value（P值），其次就是Count（基因數）和% （基因比例）。後面我們要解決的問題是，如何將這些結果下載下來？點擊紅框中的Download File即可。打開一個新的網頁，新打開的網頁（貌似一堆亂糟糟的東西）就是分析結果的文本文件，可以下載或者導入到作圖軟體中進行後續的操作。

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Step5：

結果導出和可視化。

不知道各位科研喵們在看文獻的時候曾經看到過什麼樣子的結果呢？有沒有見過柱狀圖，或者高級的氣泡圖呢？聽說很多人還在用Excel或者PPT作圖？

下面這樣的圖，是不是很好看很高級呢？

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