公共資料庫告訴你為什麼在癌症裡面研究CD24
- 2019 年 10 月 6 日
- 筆記
免疫檢查點抑製劑是現在臨床和科研熱點，其中免疫檢查點基因通過雙訊號機制調控腫瘤微環境中最主要的免疫細胞，T淋巴細胞的免疫應答活性而發揮作用。這些分子主要分為兩類：
- 一類是免疫球蛋白（immune globulin, Ig）超家族
- 另一類是腫瘤壞死因子（tumor necrosis factor，TNF）配體/受體對。
隨著研究的深入，新的免疫檢查點靶點不斷湧現，其中，CD40、CD27、4-1BB、OX40及VISTA等在實體瘤治療中具有良好前景。具體大家可以看綜述獲得相關背景知識。
最出名的兩個免疫檢查點如下：
新英格蘭雜誌專門寫綜述來總結PD-1的各種各樣的研究策略，臨床意義，試驗，藥物研發等等。
另外其它免疫檢查點，有：
It is notable that the 『don』t eat me』 signals CD47, PD-L1, B2M—and now CD24—each involve macrophage signalling based on immunoreceptor-tyrosine-based inhibition motifs.
腫瘤細胞表面CD47蛋白與巨噬細胞和樹突狀細胞表面的配體訊號調節蛋白α（SIRPα）結合，可以抑制由這類細胞引起的吞噬作用。循環腫瘤細胞可通過CD47表達上調來發出「不要吃我」的訊號，從而實現免疫逃逸。
既然作者選擇了CD24，就需要挖掘公共資料庫來證明它的確很重要咯，下面我們來看作者的表演：
CD24比其它免疫檢查點在癌症表達量上調更多
首先可以看錶達量變化指標
Heat map of CD24 tumour to matched normal expression ratios (log2(differentially expressed genes)) compared to known immune checkpoints.
然後看錶達量指標
上面的表達矩陣，都是可以在UCSC的XENA瀏覽器方便下載，批量分析，建議大家看B站影片：
在OV和BRCA表達量
這個分析就非常簡單了，加上一點點臨床資訊即可
生存分析統計學顯著
一般來說，放在文章的圖表通常是顯著的，就是我們所說的陽性結果咯，實際上如果你使用的是oncolnc這樣的網頁工具，簡單的檢查CD24分組後OV的OS，就不會有這麼明顯的結果。
根據圖例，數據來源和統計學方法：
Relapse-free survival of patients with ovarian cancer (n = 31) (b) and overall survival of patients with breast cancer (n = 1,080) (c) with high or low CD24 expression as defined by the median. Two-sided P value computed by a log-rank (Mantel–Cox) test. Numbers of subjects at risk in the high group (red) compared with the low group (blue) are indicated below the x axes.
使用的TCGA資料庫樣本
附件列的清清楚楚，包括：
文章也描述了，就是從UCSC的XENA資料庫下載
為什麼他們選擇CD47呢
2009年，美國斯坦福大學醫學院幹細胞生物學與再生醫學研究所主任Irving Weissman博士及其團隊鑒定出一種以CD47形式存在的「不要吃我」訊號，並且發現了幾乎所有的癌細胞都在它們的表面上表達高水平的CD47蛋白分子（Cell, doi:10.1016/j.cell.2009.05.045; doi:10.1016/j.cell.2009.05.046）。他們還證實了CD47與巨噬細胞表面上的蛋白SIRPα相結合，抑制它們殺死癌細胞的能力。
2019年3月4日，研究人員在科學雜誌《自然醫學》上發表了一篇關於這一主題的文章。《Glutaminyl cyclase is an enzymatic modifier of the CD47- SIRPα axis and a target for cancer immunotherapy》（谷氨醯環化酶作為CD47-SIRPα訊號轉導途徑的酶促修飾劑，也可作為常規化腫瘤免疫治療的潛在靶點）
值得你探索哦！