骨髓基質在動態平衡和白血病中的細胞分類

  • 2020 年 3 月 30 日
  • 筆記

吶，等你關注都等出蜘蛛網了~

當你的才華還撐不起你的野心時，請潛下心來，腳踏實地，跟著我們慢慢進步。不知不覺在單細胞轉錄組領域做知識分析也快兩年了，通過文獻速遞這個欄目很幸運聚集了一些小夥伴攜手共進，一起成長。

文獻速遞欄目通過簡短介紹，擴充知識面，每天關注，希望你也能有所收穫！

文章資訊

今天給大家介紹的是Cell最新的有關單細胞的文章，文章發表於2019年4月，題目是：A Cellular Taxonomy of the Bone Marrow Stroma in Homeostasis and Leukemia.

測序數據介紹

使用的是10Xgenomics技術，對14隻正常C57BL/6小鼠和若干只白血病模型小鼠的骨髓中的基質進行了單細胞轉錄組測序。

數據分析情況

  • 比對：version mm10 with the Cellranger toolkit(version 2.0.1,10XGenomics);
  • 細胞過濾：細胞少於500detected genes將被過濾掉；
  • 降維分析：作者應該使用的是Seurat包的官方流程版，top50PCA components;後期作者也使用了Scanpy包的聚類分析；
  • 亞群聚類：PCA+tSNE,應用Louvain Method進行基於圖的聚類；
  • 矩陣下載：GEO(GSE128423)

主要分群情況

正常小鼠骨髓基質的細胞分類：

白血病小鼠骨髓基質的細胞分類：

臨床意義

我們的基質細胞普查現在可以更清晰，更一致地定義特定基質細胞對體內平衡和異常造血功能的影響，並為血液系統疾病中的基質靶向治療奠定基礎。 它還為腫瘤進化提供了實驗證據，其中實質和基質元素之間的交叉通訊可能影響癌症的出現。

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