新冠病毒已突變，演化出2個亞型，影響到底有多大？

十三 發自 凹非寺 量子位 報道 | 公眾號 QbitAI

新冠病毒突變了，演化出了2個亞型。

這項研究對103個新冠病毒全基因組分子(目前為止最大規模)進化了分析，發現病毒株已發生了149個突變點，而且多數是近期產生。

研究還指出，新冠病毒已經演化出L和S兩個亞型。從佔比上來看，L亞型更為普遍達到70%，S亞型佔30%。其中，L亞型可能更具侵略性傳染力。

這項研究一時間成為了大家關注的焦點，直衝知乎熱榜第三，熱度達到了2966萬。

這項來自中國科研團隊，3日發表於《國家科學評論》(National Science Review)。

△《關於SARS-CoV-2的起源和持續進化》

那麼，這到底是是怎麼一回事？是否會讓疫情變得更加嚴重呢？

病毒演化出2個亞型，L亞型可能傳染力更強

這項研究共選取了103個病毒基因組序列，來源為GISAID和GenBank等。

在進一步分析了這些病毒基因組後，共發現149個突變位點，其中包括43個同義突變(synonymous mutation)和83個錯義突變(nonsynonymous mutation)。

△103種SARS-CoV-2病毒衍生突變的頻譜

研究發現70%的病毒序列具有7個相同的正義突變，外加1個相同的錯義突變(L84S)，從而影響了病毒6個蛋白質的功能。

研究將這70%具有這些突變的病毒分類成為了SARS-CoV-2的L亞型 (L來源於錯義突變L84S)；而S84L的則被稱為S亞型。

而後研究分析認為兩個亞型沒有發生自然界的循環重組；SNP分析進一步確認了這種譜系分類，72個病毒序列為T28144，即編碼L；29個病毒序列為C28144，即編碼S。L型是T鹼基(對應亮氨酸，Leu)，S型是C鹼基(對應絲氨酸，Ser)。

為了進一步研究L型和S型菌株之間的關係，研究人員根據103種SARS-CoV-2病毒的全基因組序列重建了它們的進化樹 ( phylogenetic tree)。

△103個SARS-CoV-2基因組的進化樹

這項分析，更進一步確證了這兩種亞型的差異。

在SARS-CoV家族中，其它較早病毒的序列均為S84L。因此，研究認為目前在流行的L亞型是S亞型進化而來的，S亞型實際上是L亞型的「祖先」。

還有一個比較有意思的發現是，兩種類型的病毒在時間和空間上存在著差異。

在武漢的27個病毒序列中，26個為L亞型，只有1個為S亞型。而在武漢以外的73個病毒序列中(33個中國，40個國外)，45個為L型，28個為S型。

△兩種類型的SARS-CoV-2在時間和空間分布上存在差異

另外，1月7日之前，L亞型占絕大多數。但測序時間不是真正的感染時間，因此無法推測其時序。

L亞型在武漢爆發的早期階段更為普遍，而L亞型的發生頻率在2020年1月初後有所下降。

作者認為，人為干預可能對L亞型施加了更大的選擇性壓力，如果沒有這些干預，L亞型可能更具侵略性和擴散得更快速。

總體而言，這項研究通過103個SARS-CoV-2的基因組分析，首次系統闡述了病毒在人群傳播過程中的演化動態。

突變將病毒分為L型和S型，且在病毒爆發早期以L型為主導，進行人為干預如醫療和隔離措施的加強後，選擇壓力的變化使從L型為主導變為S型主導。

這一持續發展中的類型可能需要醫療機構的重點關注。

病毒突變有何影響？

那麼，病毒突變了，會不會讓疫情變得更加嚴重呢？

知乎網友「冷哲」對此做了評論，他認為：

病毒自然突變是不可避免的，現在突變的很少，而且沒有重組發生，沒有對疫情有影響，疫情也沒有變嚴重，同時目前的突變還不太會影響到現有疫苗的開發工作。 同時這是個回顧性研究，病毒早就突變了，不是剛突變的。 雖然病毒自然進化出了傳染力和毒性更強的類型，但是在人工干預的情況下這些毒性強的病毒反而優先被控制住了，所以現在傳播的更多的是毒性弱的種類。

也有網友認為，這項研究是一個描述性分析，也就是這個推論完全建立在觀察，而非毒理分析。

研究的重心在於病毒的起源，比較有用的資訊點在於「病毒發生了變異」、「有2個亞型」、「時間和空間上存在差異」。

至於其他的推論，還需要進一步分析。

知名健康部落客、醫學博士「子陵在聽歌」也表達了類似的觀點，他認為：

需要強調的是，這只是個生物資訊學研究，不是實驗室研究，結論有主觀性。 這種分析我們應用一些軟體如MUSCLE等可以自己完成。

研究團隊介紹

△陸劍

陸劍，北京大學生命科學學院研究員，博士生導師。

主要研究方向包括非編碼RNA的起源、進化、以及驅動新非編碼RNA基因進化的機理；轉錄水平調控相關的功能基因組學研究等。

△崔傑

崔傑，中國科學院上海巴斯德研究所研究員，中科院百人計劃，博士生導師，病原生物資訊學研究組組長。

研究方向重點關注病原的發生、病原與宿主共進化；基於組學的癌症大數據分析、癌症基因組學；以及基於生物資訊學的病原關聯性分析。

One More Thing

雖說此次研究只是一種推論性成果，但近期又一件比較重大的消息傳出。

香港的一隻狗狗確診感染新冠病毒，是全球首例！

其主人是一名新冠肺炎確診者，狗狗早前經香港漁農自然護理署兩次病毒測試，發現其口腔及鼻腔樣本呈弱陽性反應。

而就在昨日，香港漁護署表示，有關結果顯示這隻狗已經低程度感染病毒，成為世界首例。

雖然說現在大趨勢上，中國疫情有緩和的跡象，但是我們不能掉以輕心，「防疫之心」決不能鬆懈！

傳送門

論文地址： https://academic.oup.com/nsr/advance-article/doi/10.1093/nsr/nwaa036/5775463

參考鏈接 https://www.zhihu.com/question/376680418 https://www.weibo.com/529645621?profile_ftype=1&is_all=1#1583375175321 http://sourcedb.shanghaipasteur.cas.cn/zw/kydw/yjzz/201903/t20190325_5261286.html http://www.bio.lb.pku.edu.cn/teacher_dis_oa.php?cid=146&teaid=46

作者系網易新聞·網易號「各有態度」簽約作者

— 完 —

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