qiime2-2019.4更新学习笔记

q2cli

1.在查看插件的详细信息时清理 –version 输出！

2.将多个小时的血液、汗水和眼泪投入到清理q2cli体验中，变化包括：

  • 1）–cmd-config 已经被删除了(它没有得到充分的记录，并且增加了很大的复杂性)。我们鼓励需要编程控制的QIIME2用户改用PythonAPI，这要灵活得多。
  • 2）–py-packages从qiime info 中移除了(它已经坏了)，使用conda list代替。
  • 3）–output-dir 和–o选项中，在执行命令之前，请确保路径是可写的。
  • 4）–output-dir 在运行命令之前不再创建目录。这意味着不再需要因为在不同的参数中有一个打字错误而不断rm -rf。
    • 5）基础解析器有了很大的改进。以下这些变为可能： a.缺少的参数现在将被识别，而不是吞掉下一个选项(对于初学者来说非常混乱)。 b.–help 现在“超级贪婪”，如果它出现在命令中的任何地方，将显示帮助文本(不管存在多少错误)。 c.可重复的选项现在也可能接收任意数量的参数： –p-something 1 –p-something 2 –p-something 3 也可以写为： –p-something 1 2 3#原始形式仍受支持 这意味着shell扩展(如<em>.qza)将变得更有用： qiime feature-table merge –i-tables dada2-outputs/*.qza …
  • 6）CLI缓存现在是乐观的：存储在您的Conda环境中。如果q2cli没有在conda环境中运行，那么它将像之前一样退回到XDG_CONFIG_HOME。这意味着在多个QIIME 2安装之间切换不会不断刷新缓存。
  • 7)difflib现在用于在命令中出现拼写错误时推荐选项。
  • 8）错误处理在插件命令和内置命令之间更加一致（比如，tools, dev, 和 info）。
  • 9）现在可以枚举错误。解析错误(例如格式错误的命令)将被多次重新解析，以收集尽可能多的错误(这是一个不完整的列表，将打印为(1/5？)而不是(1/5)
  • 10）为了支持TypeMap， –help文本有一个新的布局系统，其中包括QIIME2类型，只要相关(这对许多基元特别有用)。TypeMap用一个上标数字表示，它将在输入和输出之间匹配。(在未来，表格可能是表示这一点的更好方法)。
  • 11）帮助文本现已高亮，以提高可读性。

q2-diversity

  • 1.修复了Adonis可视化工具中阻止某些元数据标题按预期工作的错误。
  • 2.修复了Adonis可视化工具中的错误，该错误在元数据值包含单引号(例如撇号)时导致错误。
  • 3.修复了Adonis可视化工具帮助文本中的拼写错误。

q2-longitudinal

  • 1.为插件添加了一个新的anova可视化工具！
  • 2.maturity-index 生成的热图现在可以限制显示的重要功能的数量。

q2-deblur

  • 在降噪方法中添加了一个left_trim_len参数

q2-demux

  • 1.修正了每个样本序列计数表的布局(这件事确实令人烦恼。)
  • 2.将Golay条形码更正应用到了emp-single and emp-paired类型，未来已至！

q2-cutadapt

  • 1.trim_single 和 trim_paired选项增加了一个新参数 minimum_length。
  • 2.trim_single 和 trim_paired选项可以实现discard_untrimmed功能了。
  • 3.修复了一个与太多文件相关的错误，当对包含许多样品的数据集进行拆分时，打开了太多的文件。检查demux-paired 和demux-single 选项中的batch_size参数来控制一次解复用多少个样本。
  • 4.增加了对dual-index 数据拆分的支持，通过准备元数据文件中包含反向读取条形码的第二列，可以启用此功能。查看文档获取更多信息！

q2-feature-classifier

  • 更新了reads_per_batch参数的默认值，以减少内存占用。

q2-sample-classifier

  • 使用FeatureData[Importance]有监督的分类器和回归器输出的分数，添加了热图流程，以显示每个样本或每个组的预测特征的(规格化)丰度。
  • 更新了引用信息，以便在“开放源码软件杂志”中包含描述此插件的报告。

q2-feature-table

  • 1.添加了一个特性，允许在创建热图时禁用样本轴和特性轴上的聚类！
  • 2.merge-taxa现在支持多列FeatureData[Taxonomy]构件，例如，在合并的输出中保留分类可信度分数。
  • 3.彻底改造了交互式的均匀采样深度可视化-它现在是用Vega构建的！有几个相关的改进/错误修复： 1）现在，每个元数据组的样例计数摘要将显示在打印中。 2）可以进行SVG和PNG输出 3）可视化可以在交互式Vega编辑器中定制。 4）修复了与在可视化选项卡中滚动有关的错误
  • 4.作为TypeMap的结果，现在可以在具有以下不同类型的要素表中过滤掉样本了(feature-table filter-samples)： RelativeFrequency, PresenceAbsence, 和 Composition（Frequency仍然支持），输出类型将与提供的输入类型匹配。

q2-quality-control

  • 修复了一个evaluate-composition的bug，之前会导致当观测到的和预期的特征表在任何分类级别上只包含单个观测时，报告的线性回归R值为零。(正确答案是不应报告R值)。

q2-dada2

  • 更新此插件以使用DADA2 1.10-用户可以期望看到速度从2倍提高到20倍！有关此版本的DADA2的更多详细信息，请参阅DADA2文档4。

q2-emperor

  • 1.这个插件现在使用最新版本的emperor(1.0.0-beta.19)
  • 2.其他错误修复： 1）修复了重新居中不会使视图重新居中的错误。 2）修复了无法加载二维图形的错误。 3）修复了仅包含样本标识符时无法加载示例元数据的错误。
  • 3.增加了对导出2D Vega图的实验支持，该选项当前仅可用于可用available plot types的子集，并且可以通过菜单访问：
  • 对三维图的任何自定义都应在Vega图中继承。例如，以下是自定义的三维图：
  • 2D:
  • 这项功能仍然是试验性的-请尝试它!

dev-docs #面向开发者的

  • 1.把编辑的红铅笔放到了开发文档上。
  • 2.更新插件开发教程，以反映文档中使用的包的最新版本！

docs

  • 1.修复了其中一个概述教程图像中的拼写错误。
  • 2.将一个使用q2-sample-classifier分类器的新热图流程示例添加到了q2-sample-classifier 教程。

Library

  • 修复了阻止管理员编辑插件的错误(由于过度指定的数据库规则)。#应该是面向开发者的
  • 修复了阻止管理员编辑插件的错误(由于过度指定的数据库规则)。#应该是面向开发者的

QIIME 2 Framework

  • 1.修复了由无效的原始参数引起的错误。扩展了类型不匹配错误消息以更好地描述各种无效输入情况。#这应该是报错信息提示理好用了。
  • 2.修正了SemanticType文档字符串中一些令人困惑的描述。
  • 3.向qiime2.sdk.actiongraph添加了一个名为buildgraph的新SDK实用程序。这将生成QIIME2插件操作和类型的有向NetworkX图。图是二部图，类型在概念一侧，动作在另一侧。它们之间的边表示参数。#面向开发者的
  • 4.QIIME 2类型的实现已重新设计，上些微小的改变：#面向开发者的 1）Properties([‘a’, ‘b’]) => Properties(‘a’, ‘b’) 2）Range(X, None)变为Start(X)(它被转换为一个范围) 3）Range(None, X) 变为End(X)(同样被转换为一个范围) 4）Choices({‘a’, ‘b’}) => Choices(‘a’, ‘b’) (这意味着顺序现在也保留了)
  • 5.基元类型的并集现在是可能的,这意味着您可以创建一个带有如下参数的插件：Int % Start(0) | Str % Choices(“ALL”, “SOME”, “NONE”)。#面向开发者的
  • 6.类型的交叉(&)现在是可能的，然而，大多数交集将导致“底部”类型(此操作符主要用于实现内部类型求解算法)。#面向开发者的 1）允许如下表达式： T, P, R = TypeMap({ (TypeA, Bool % Choices(True)): OutputA, (TypeB, Bool % Choices(False)): OutputB }) 2）有关TypeMatch的直接示例，请参见 feature-table filter-samples （https://github.com/qiime2/q2-feature-table/blob/163e838ea29c3416fb5c14f1ef1cc2f2fc81b921/q2_feature_table/plugin_setup.py#L239）
  • 7.现在存在从to_ast()调用的结果解析类型的实用程序：qiime2.sdk.util.type_from_ast. 现在，由于不再需要加载插件来重新构建类型，所以这两个插件的速度要快得多。type_from_ast 能够完全重建TypeMap.
  • 8.qiime2.sdk.util 添加了一个新的实用程序叫parse_primitive，它扮演的角色是<sometype>.decode(val)，但是，它可以处理不同样式的集合类型。#面向开发者的
  • 9.qiime2.sdk.util中公开的其他类型实用程序有is_semantic_type, is_primitive_type, is_metadata_type, is_visualization_type, 和interrogate_collection_type.

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