2019年主流測序儀參數對比
- 2020 年 3 月 3 日
- 筆記
大浪淘沙，好多基因測序儀廠家已經被歷史的車輪甩在了滾滾紅塵里，還餘下幾家大的公司屹立在市場上，有的正在壟斷市場（Illumina），有的是正在急速掘起的翹楚(Oxford Nanopore, Pacbio)，還有的是國產的希望(華大智造)。今天，讓我們來再看一下它們主流機器的參數，來對比下機器的性能。
華大智造
在「川建國」同志的大棒下，貿易摩擦日益嚴重的今天，有必要支援一下國產測序儀，雖然不確定裡面進口原器件佔多少比例，至少它在今天還能為我們所用。聽聞和Illumina已經開始訴訟大戰，不知這一場該如何收場。雖然華大沒有長讀長的測序技術平台，不過我看到，其開發的和10X Genomics 超長Linked-Reads相媲美的技術（stLFR，）可以曲線實現讀長的增長，雖然依然存在GC偏好性問題。在基因測序儀的認證方面，華大走在了前面，醫院的應用正在增長，期待未來華大給我們更多的驚喜。 下面來看下華大的測序儀的性能資訊：
來源，華大智造官網（https://www.mgitech.cn/product/sequencer.html ）
Illumina & PacBio
Illumina已經收購了PacBio，成為兼有長短讀長的公司，後面把兩個產品結合在一起，繼續壟斷市場的節奏。發現好多技術和產品初創於英國，比如創始於劍橋的Solexa(Illumina測序技術的源頭)，Sanger測序和PacBio，ARM，最後卻又被美國公司把技術發揚光大。
數據來源，illumina官網（https://www.illumina.com.cn/systems/sequencing-platforms.html ）。可以看出，相比華大平台，Ilumina平台可以實現更長讀長250PE，用於測16S等微生物樣本具有一定優勢。
PacBio平台，Sequel II平台運行CLR (continuous long read)文庫，採用10h的運行時間，單張晶片平均產出高達75Gb；而運行Hifi文庫 (highly accurate long reads)，採用30h的運行時間，單張晶片平均產出高達250Gb，較前一代Sequel平台有顯著提升，據說準確度也有所提升。
Oxford Nanopore
nanopore正在逐漸提高準確性，包括使用不同的建庫方法和測兩次的方法，以及不同版本的晶片混合使用，使測序精度達到95%+。
資料來源，官網（https://nanoporetech.com/cn/products/comparison ）。
Thermo Ion Torrent
Ion Torrent作為一家半導體測序技術的獨苗，號稱是准三代測序，可是由於其對多聚鹼基的測序準確度太差，一般只有科研院所的特殊需求在使用。
資料來源，官網（https://www.thermofisher.com/cn/zh/home/life-science/sequencing/next-generation-sequencing/ion-torrent-next-generation-sequencing-workflow/ion-torrent-next-generation-sequencing-run-sequence/ion-s5-ngs-targeted-sequencing/ion-s5-specifications.html ）。
