VISTA:人和小鼠的增強子資料庫
- 2019 年 12 月 19 日
- 筆記
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VISTA結合比較基因組學，chip_seq等數據分析手段和實驗方法，來識別人和小鼠中的增強子，該資料庫的網址如下
http://enhancer.lbl.gov/
在最初的研究中發現， 在人和小鼠等物種中，在物種間保守的序列中有一半的區域都包含增強子序列，所以通過比較基因組學的手段識別物種間保守的基因組序列，對於增強子分析有一定的參考意義；同時採用EP300蛋白的chip_seq結果，也可以識別到很多的增強子區域。
通過結合以上兩種生物資訊學分析手段，首先識別到候選的增強子序列，然後通過轉基因小鼠試驗，通過實驗手段驗證增強子的增強活性。
利用首頁的檢索功能，可以查看該資料庫中的記錄，示意如下
可以通過染色體區間進行檢索，也可以通過基因名稱等其他方式，檢索結果示意如下
給出了增強子在資料庫中的編號，在基因組上的位置，包含的基因等資訊，右側的小鼠圖標表示增強子體外實驗的資訊，藍色代表通過實驗手段證實了該增強子的增強活性，而白色代表體外實驗沒有發現該增強子的增強活性，點擊第一列的編號可以查看詳細資訊。
同時考慮到增強子的組織特異性，通過組織切片技術研究在不同組織中增強子的表達情況，提供了以下組織的相關資訊
- Forebrain
- MidBrain
- Hindbrain
- Neural Tube
- Eye
- Ear
- Dorsal Root Ganglia
- Trigeminal
- Cranial Nerves
- Heart
- Tail
- Limb
- Nose
- Face
- Branchial Arch
通過Advance Search, 可以根據增強子在不同組織中的表達資訊進行篩選，示意如下
通過VISTA資料庫，可以方便的檢索人和小鼠的增強子資訊。
·end·
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