FANTOM5:人類增強子資料庫
- 2019 年 12 月 19 日
- 筆記
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FANTOM全稱如下
Function Annotation Of The Mammalian Genome
是一項國際性的研究項目，創建於2000年，最初的目的是對小鼠全長cDNA序列進行功能注釋。隨著不斷發展，研究的內容在也在轉錄組學層面不斷拓展。
在該項目的第三個階段，採用了CAGE-seq這一技術手段來準確研究不同轉錄本的轉錄起始位點TSS, 示意如下
CAGE技術可以區分不同轉錄本異構體的起始位點。建立在準確的TSS位點的基礎上，進一步對啟動子，增強子等轉錄調控區域進行研究和分析。
除了常規的蛋白編碼基因和轉錄調控外，該項目還在lncRNA, miRNA等非編碼RNA,即ncRNA領域進行了研究。相關結果和數據面向全世界開放的，可以在官網下載得到。
今天要介紹的是從該項目中得到的增強子數據，網址如下
http://slidebase.binf.ku.dk/human_enhancers/
通過Human Enhancer Selector. 可以對增強子數據進行檢索，如下所示
檢索結果分成了兩個部分，在頁面左側可以看到增強子的基因組位置，可以下載BED和FASTA格式的文件，也可以查詢對應的motif分析結果，示意如下
在頁面右側，給出了增強子的表達水平，分成了以下3個層次
- cell
- organ
- sample
對應不同細胞，器官，樣本中的表達水平，以細胞水平的表達情況為例，示意如下
通過View Overlaps菜單，可以查看增強子相關的啟動子區域以及在該增強子區域內的SNP位點，示意如下
通過以上網址，可以對增強子進行在線查找和分析。對於所有增強子的資訊，可以通過以下鏈接進行下載
提供了BED格式的區間文件供下載。
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