PyTorch常见的坑汇总

• 2019 年 10 月 7 日
• 筆記

最近刚开始用pytorch不久，陆陆续续踩了不少坑，记录一下，个人感觉应该都是一些很容易遇到的一些坑，也在此比较感谢帮我排坑的小伙伴，持续更新，也祝愿自己遇到的坑越来越少。

首先作为tensorflow的骨灰级玩家+轻微强迫症患者，一路打怪升级，从0.6版本用到1.2，再用到1.10，经历了tensorfow数个版本更迭，这里不得不说一下tf.data.dataset+tfrecord使用起来效率远比dataloader高的多。

tensorflow有一个比较好用的队列机制，tf.inputproducer + tfrecord, 但是inputproducer有一个bug，就是无法对每个epoch单独shuffle，它只能整体shuffle,也就意味着我们无法进行正常的训练流程（train几个epoch，在validation上测一个epoch,最终选一个validation上的最好的结果，进行test）。后来我当时给官方提了一个issue，官方当时的回答是，这个bug目前无法解决，但是他们在即将到来的tf1.2版本中， 推出的新型数据处理API tf.contrib.data.dataset（tf1.3版本将其合并到了tf.data.dataset）可以完美解决这个bug，并且将于tf2.0摒弃tf.input_producer。然后tf1.2版本刚出来以后，我就立马升级并且开始tf.data.dataset踩坑，踩了大概2周多的坑，（这个新版的API其实功能并不是非常强大，有不少局限性，在此就不展开）。

好像扯远了，回归pytorch，首先让我比较尴尬的是pytorch并没有一套属于自己的数据结构以及数据读取算法，dataloader个人感觉其实就是类似于tf中的feed，并没有任何速度以及性能上的提升。

先总结一下遇到的坑：

1. 没有比较高效的数据存储，tensorflow有tfrecord, caffe有lmdb，cv.imread在网络训练过程中实属浪费时间。这里感谢一下小智大神@智天成

解决方案：

当时看到了一个还不错的github链接：

https://github.com/Lyken17/Efficient-PyTorch

主要是讲如何使用lmdb，h5py,pth,lmdb,n5等数据存储方式皆可以。

个人的感受是，h5在数据调用上比较快，但是如果要使用多线程读写，就尽量不要使用h5,因为h5的多线程读写好像比较麻烦。

http://docs.h5py.org/en/stable/mpi.html

这里贴一下h5数据的读写代码(主要需要注意的是字符串的读写需要encode,decode,最好用create_dataset，直接写的话读的时候会报错)：

写：      imagenametotal_.append(os.path.join('images', imagenametotal).encode())      with h5py.File(outfile) as f:          f.create_dataset('imagename', data=imagenametotal_)          f['part'] = parts_          f['S'] = Ss_          f['image'] = cvimgs  读：  with h5py.File(outfile) as f:      imagename = [x.decode() for x in f['imagename']]      kp2ds = np.array(f['part'])      kp3ds = np.array(f['S'])      cvimgs = np.array(f['image'])

2. gpu imbalance，这里感谢一下张航学长@张航

老生常谈的问题，第一个GPU显存占用多一点。

张航学长提了一个开源的gpu balance的工具—PyTorch-Encoding。

https://github.com/zhanghang1989/PyTorch-Encoding

使用方法还是比较便捷的，如下所示：

from balanced_parallel import DataParallelModel, DataParallelCriterion  model = DataParallelModel(model, device_ids=gpus).cuda()  criterion = loss_fn().cuda()

这里其实有2个注意点，第一，测试的时候需要手动将gpu合并，代码如下：

from torch.nn.parallel.scatter_gather import gather  preds = gather(preds, 0)

第二，当loss函数有多个组成的时候，比如 loss = loss1 + loss2 + loss3

那么需要把这三个loss写到一个class中，然后再forward里面将其加起来。

其次，我们还可以用另外一个函数distributedDataParallel来解决gpu imbalance的问题。

使用方法如下：（注：此方法好像无法和h5数据同时使用）

from torch.utils.data.distributed import DistributedSampler  from torch.nn.parallel import DistributedDataParallel    torch.distributed.init_process_group(backend="nccl")  # 配置每个进程的gpu  local_rank = torch.distributed.get_rank()  torch.cuda.set_device(local_rank)  device = torch.device("cuda", local_rank)    #封装之前要把模型移到对应的gpu  model.to(device)  model = torch.nn.parallel.DistributedDataParallel(model,device_ids=[local_rank],                                                     output_device=local_rank)    #原有的dataloader上面加一个数据sample  train_loader = torch.utils.data.DataLoader(          train_dataset,          sampler=DistributedSampler(train_dataset)      )

3. gpu利用率不高+gpu现存占用浪费

常用配置：

（1）主函数前面加：（这个会牺牲一点点现存提高模型精度）

cudnn.benchmark = True  torch.backends.cudnn.deterministic = False  torch.backends.cudnn.enabled = True

（2）训练时，epoch前面加：（定期清空模型，效果感觉不明显）

torch.cuda.empty_cache()

（3）无用变量前面加：（同上，效果某些操作上还挺明显的）

del xxx(变量名)

（4）dataloader的长度_len_设置：（dataloader会间歇式出现卡顿，设置成这样会避免不少）

def __len__(self):      return self.images.shape[0]

（5）dataloader的预加载设置：（会在模型训练的时候加载数据，提高一点点gpu利用率）

train_loader = torch.utils.data.DataLoader(          train_dataset,          pin_memory=True,      )

（6）网络设计很重要，外加不要初始化任何用不到的变量，因为pyroch的初始化和forward是分开的，他不会因为你不去使用，而不去初始化。

（7）最后放一张目前依旧困扰我的图片：

可以看到，每个epoch刚开始训练数据的时候，第一个iteration时间会占用的非常多，pytorch这里就做的很糟糕，并不是一个动态分配的过程，我也看到了一个看上去比较靠谱的解决方案，解决方案如下：在深度学习中喂饱 GPU

但是我看了下代码，可能需要重构dataloader，看了评论好像还有问题，有点懒，目前还没有踩坑，准备后面有时间踩一下。