• 2022 年 9 月 19 日
• 筆記

技術背景 在前面幾篇跟SETTLE約束演算法相關的文章（1, 2, 3）中，都涉及到了大量的向量旋轉的問題–通 …

• 2022 年 8 月 31 日
• 筆記

技術背景 在之前的兩篇文章中，我們分別講解了SETTLE演算法的原理和基本實現和SETTLE約束演算法的批量化處理。SETT …

• 2022 年 8 月 4 日
• 筆記

技術背景 在處理分子動力學模擬的數據時，不可避免的會遇到眾多的大軌跡文件。因此以什麼樣的格式來存儲這些龐大的軌跡數據，也 …

• 2022 年 6 月 28 日
• 筆記

技術背景 PDB（Protein Data Bank）是一種最常用於存儲蛋白質結構的文件。而我們在研究蛋白質構象時，往往 …

• 2022 年 3 月 21 日
• 筆記

技術背景 勒讓德變換在經典力學和統計力學中是非常常用的一個數學工具，其變換了一個函數的所有（或部分）自變數，也改變了函數 …

• 2022 年 3 月 17 日
• 筆記

技術背景 分子動力學模擬在新材料和醫藥行業有非常重要的應用，這得益於分子動力學模擬本身的直觀表述，用宏觀的牛頓力學，結合 …