終極篇：3分鐘搞定GO/KEGG功能富集分析-氣泡圖

• 2019 年 10 月 6 日
• 筆記

乾貨預警：3分鐘搞定GO/KEGG功能富集分析（2），給大家詳細講解了DAVID網站的使用，通過分步操作，帶領大家學習了使用DAVID工具來進行GO和KEGG分析。今天，我們重點講解如何將DAVID中的功能富集的結果轉換成正式的Figure，有請小獵豹。

多圖&多影片預警，輕點可看詳細內容

乾貨預警：3分鐘搞定GO/KEGG功能富集分析（2）文章的結尾，我們得到了一個基因列表的功能富集結果（如下圖所示）。但如果想把結果最展示在文章中（箭頭所指），還需要一些繪圖的操作。今天，我們就重點來講解 如何將DAVID中的功能富集的結果轉換成正式的Figure。

閱讀文獻時，大家遇到最多的就是柱狀圖（一般是水平柱狀圖），柱子的高低與p-value相關，柱子越高則越顯著。我也問過很多人，喜歡哪種圖片來展示功能富集的結果，曾經有人跟我說，特別喜歡那種大大小小的彩點圖……

我想了一下，覺得這位耿直的同學說的應該是高級氣泡圖，想必有不少人見過氣泡圖，卻不知道應該怎麼做，連現成的工具也找不到。那麼，今天的繪圖操作，我們就來給大家詳細講講如何通過氣泡圖來展現GO/KEGG功能富集的結果。（由於微信公眾平台對影片數目的限制，無奈把柱狀圖和氣泡圖分為兩篇講解，需要柱狀圖教程的同學請關注「科研貓」公眾號查看）。

氣泡圖

氣泡圖的製作相當複雜，如果手上有現成的文獻使用了氣泡圖來表徵功能富集分析的結果，也可以拿出來看一下。首先我們看x軸是Gene Ratio，對應的就是DAVID結果表格中的「%」一列；y軸是富集出來的通路或者GO Term；點的大小表示Gene數；點的顏色最為重要，代表P值的高低。

所以，圖確實很好看，但是做起來實屬不易，目前還沒有遇到有現成的繪圖軟體可以幫我們做這樣的圖片。那怎麼辦呢？嘿嘿，讓小獵豹來教教大家吧。前面的推文中，我們也講解過R語言，R語言可以說是目前最為流行、最為強大的統計繪圖工具，相信我們大家都聽說過。即使你對R語言了解不深，不要緊，我們幫大家把程式碼都寫好了，直接運行即可。如果你還沒有安裝R語言，請參考我們前面的推文（生物資訊系列課程-R語言入門）。在運行這個R程式碼之前呢，需要安裝兩個R包ggplot2和Hmisc，然後直接運行bubblePlot.R即可。具體運行過程可見下面短影片，可謂一氣呵成，無需數據轉換等繁瑣步驟，而且最終生成的圖極其細緻，把首字母大寫，欄位截取，數字下標等細節都做好了。

相信有不少同學對R語言還是不太熟悉，在運行程式碼的過程當中可能還會遇到不同的問題，可以在文末的留言板中留言哦，小獵豹會及時幫大家解決的。再次強調，操作所需的程式碼（話說這個程式碼曾經買到幾百塊哦）和測試數據可免費獲取，識別文末二維碼，聯繫折耳貓小姐姐即可。

到現在為止，關於GO/KEGG功能富集分析就講完了。我啰哩啰嗦地分了三篇文章來給大家講解，主要目的是為了讓大家徹底搞懂功能富集分析的含義，並掌握具體的操作步驟。當大家真正熟悉了以後，實際操作大概在幾分鐘時間就可以完成。為了讓大家把前面的操作都串聯起來，方便學習記憶，在這裡我把功能富集分析的一整套操作錄製成影片，希望大家能夠真正掌握這一實用分析。

原文詳情：科研貓