TCGA資料庫篩選出有生存意義的lncRNA

• 2020 年 4 月 9 日
• 筆記

長鏈非編碼RNA（Long non-coding RNA）, lncRNA是一類本身不編碼蛋白、轉錄本長度超過200nt的長鏈非編碼RNA分子，它可在多層面上（表觀遺傳調控、轉錄調控以及轉錄後調控等）調控基因的表達。lncRNA最初被認為是RNA聚合酶II轉錄的副產物，是一種「噪音」，不具有生物學功能。然而，今年來的研究表面，lncRNA參與了X染色體沉默、染色體修飾和基因組修飾、轉錄激活、轉錄干擾、核內運輸等過程，其調控作用正在被越來越多的人研究。

據統計，哺乳動物蛋白編碼基因佔總RNA的1%，長鏈非編碼RNA佔總RNA的比例可達4%-9%，這些長鏈非編碼RNA是基因功能研究的又一座寶庫。目前發現的許多lncRNA都具有保守的二級結構，一定的剪切形式以及亞細胞定位。它們在基因組上相對於蛋白編碼基因的位置，可以分為5種：正義鏈（sense）、反義鏈（antisense）、雙向（bidirectional）、內含子間（intronic）、基因間（intergenic），其所在的位置與其功能有一定的相關性。

lncRNA的作用機制 長鏈非編碼RNA的作用機制非常複雜，至今尚未完全清楚。根據目前的研究，lncRNA的作用機制如要有以下幾種（如圖）。

長鏈非編碼RNA（lncRNA）簡介

• 編碼蛋白的基因上游啟動子區（橙色）轉錄，干擾下游基因（藍色）的表達；
• 抑制RNA聚合酶II或者介導染色質重構以及組蛋白修飾，影響下游基因（藍色）的表達；
• 與編碼蛋白基因的轉錄本形成互補雙鏈（紫色），干擾mRNA的剪切，形成不同的剪切形式；
• 與編碼蛋白基因的轉錄本形成互補雙鏈（紫色），在Dicer酶的作用下產生內源性siRNA；
• 與特定蛋白質結合，lncRNA轉錄本（綠色）可調節相應蛋白的活性；
• 作為結構組分與蛋白質形成核酸蛋白質複合體；
• 結合到特定蛋白質上，改變該蛋白質的細胞定位；
• 作為小分子RNA（如miRNA、piRNA）的前體分子。

主要寫如何快速的篩選出有生存意義的lncRNA

一般來說lncRNA有一萬多個，如何快速的篩選出所有P小於0.05（生存分析）。單因素生存分析，基於TCGA資料庫的基因表達矩陣。

• 注釋lncRNA
• 合併臨床數據（生存數據）
• 快速的篩選分析