DamID-seq分析筆記（一）

2020 年 4 月 9 日
筆記

pre: 盡量寫詳細點，方便理解

1： illumia機器測序的方向是3—->5,附上一張圖：

image.png

我是PE150測序，測序的adapter ：GATCG GAAGA 拿到數據的第一眼，先看一下測序的情況，我先打開一個fq的文件先看看：

cat  XXX_R1.fq | grep GATCGGAAGA

illumia機器測序的方向是3-5，從這個情況來看，trim之後的有些reads長度會短一些。

但是因為在加接頭之前需要加A,再加接頭，我們把這個鹼基往前挪去A去看，然後就可以發現都序列特徵是AG

這個是DamID-seq的數據我們需要知道，DamID是利用Dam和DpnI來工作的，DpnI的位點是G(me)ATC :

結合3—>5的illumia的測序，我們知道，有AG開頭的reads是我們要的reads.

(PS:記得在Adapter 後面加個A) 數據處理思路 1：先用cutadapt去掉接頭然後跑一個fastqc看一些結果，如果鹼基品質很好的話，可以不用trim，如果鹼基品質不夠好還是需要trim的

cutadapt -a ADAPTER_FWD -o out.1.fastq -p out.2.fastq reads.1.fastq reads.2.fastq

2（可選）：trimmomatic

java -jar /asnas/sunyl_group/liull/software/Trimmomatic-0.36/trimmomatic-0.36. jar  PE Reads_R1. fq.gz Reads_R2.fq.gz reads_R1.trimmo.fq unpair_1.trimo.fq reads_R2.trimmo.fq unpair_2.trimo.fq LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15  MINLEN:51

那麼好，接下來把接頭給去了，並且去掉一些低品質的數據：接下來就是mapping 到基因組上

總結一下：利用cutadapter去了接頭 trimmomatic去了低品質數據（可選） fastqc看結果

下一步：mapping