下載ENA資料庫文件
- 2020 年 4 月 1 日
- 筆記
ENA資料庫：European Nucleotide Archive：隸屬EBI (European Bioinformatics Institute)，由 EBI 負責維護，優點是可以下載fastq文件。 網址：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/ 如下載的項目編號：PRJEB29049
image.png
找到所有要下載的文件格式和需要的資訊，打鉤
可以下載含有文件下載鏈接的TSV文件，文件不多的話也可以直接下載。 包含下載鏈接的TSV文件如下
選擇fastq那一列的文件格式單獨放進一個download.txt
image.png
download.txt如下
image.png
for i in `cat download.txt`; do wget $i done
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參考： https://www.jianshu.com/p/cf0a7b937413 http://www.chenlianfu.com/?p=2319
