手把手教你學會GO富集分析和弦圖繪製

• 2019 年 10 月 5 日
• 筆記

各位科研芝士的朋友，大家好。這周我們繼續分享關於數據可視化的教程，今天我們把自己的視線聚焦在富集分析上，一般大家會選擇DAVID在線工具或者y叔的神包clusterProfilter來操作，不管你選擇哪種富集方式，我們得到的GOterm，都需要進行可視化展示，這篇關於GOplot的教程也是大家一直碎碎念的教程，今天就分享給大家。

注意事項

GOplot包，該包主要是對GO富集結果進行可視化，不能進行富集分析。

下面進入正題，今天我們看看如何用富集分析的結果，進行GO可視化：

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安裝並載入包，關於包的安裝，已經講過多次，直接上程式碼：

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GO富集分析，這次利用clusterProfiler包進行富集分析，當然你還需要安裝該包並載入：

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用內置數據集進行GO富集分析：

注意體會readable參數的意義，該參數的設置，可以是的GO富集的結果的gene以gene symbol形式出現。

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轉成數據框的形式：

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整理成GOplot所需要的輸入格式文件

分別是5列資訊，分別為GO的ID， Term名字，該Term所含的gene名，注意是gene symbol，以及p值還有所屬的類別 Category。5列的列名稱要注意不能輕易改動，分別為ID， Term，Genes，adj_pval和Category。

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整理gene的資訊，該資訊要包括兩列資訊，分別是gene的Symbol還有就是gene的logFC值

首先用進行ID的轉換，從Entre ID轉成 Gene Symbol。

結果如下：

接著進行下面的操作，構造gene的data.frame：

這時候，gene的data.frame 如下：

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構造和弦圖需要的輸入數據結構，首先是構建一個list對象，接著用circle_dat構建畫圖的對象circ2，接著用chord_dat構造chord對象，注意在process用了一個unique函數：

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chord構建好之後，便可以輕鬆畫圖了，如下：

結果如下：

還可以使得gene 按照logFC排序：

結果如下：

當然還可以畫個熱圖：

結果如下：

OK，今天的推文就到這，我們分享了如何在基於clusterProfiler下，進行GO富集分析以及利用該GO富集結果進行GOplot可視化。