久等了的QIIME 2 2020.2 更新來了
- 2020 年 3 月 3 日
- 筆記
QIIME 2 2020.2 更新踩著2月的尾巴來了！疫情仍在，學習的好時光呀，加油！這次更新有一些小的命令更改，已經把需要關注的重點更新突出顯示。官方提醒下一次的更新發布是QIIME 2 2020.5，請持續關注更新。
有關安裝最新的QIIME2發行版的詳細資訊，以及教程和其他資源，請查看QIIME2 2020.2文檔[1]。如果您遇到任何問題，請聯繫QIIME 2論壇[2]！
虛擬機版本將在下周的某個時候提供-請關注此主題主題帖子以獲取更新[3]！
一、突破性變化
總結一下就是執行緒（核心數）全部使用不能用0了，要改為auto；另外刪除了三個可視化工具。
1. q2-alignment
mafft：0不再是n_threads值可接受的值。請改為指定auto。
2.q2-phylogeny
• fasttree：對於n_threads值，0不再是可接受的值。請改為指定auto。
• iqtree：0不再是n_cores的可接受值，請改為auto。
• iqtree_ultrafast_bootstrap：n_cores，0不再是可接受的值，請改為auto。
• align_to_tree_mafft_fasttree：0不再是n_thread可接受值，請改為auto。
3.q2-gneiss
• balance_taxonomy: 此可視化工具已刪除。
• ols_regression: 此可視化工具已刪除。
• lme_regression:此可視化工具已刪除。
二、亮點
1.QIIME 2 Framework
• 添加了新的檢查，以更好地處理QIIME 2環境中錯誤配置的時區。如果QIIME 2和tzlocal無法確定機器的當前時區(或者，如果它確定有多個衝突的定義)，則QIIME 2在標記來源時將回退到使用UTC作為時區。
• 添加了新的類型檢查實用程式is_metadata_column_type。
• [開發]修改了插件在PluginManager實例上註冊的方式-現在可以按需註冊插件，這對測試和開發特別有幫助。
• [開發]添加了一個新的用法API，允許插件開發人員將與介面無關的用法示例註冊為插件的一部分。我們仍在致力於這方面的介面支援，所以儘管API已經存在，但目前它的效用有限–密切關注今年晚些時候的全面發布吧！
• 修復了parse_primitive的一個小問題，該問題導致某些不正確的強制TypeMap。
2.docs
• 修正了概述教程中的一個拼寫錯誤！
• gneiss教程已更新，以反映上述重大更改。
• 添加了一個演示QIIME 2中通用實用程式功能的教程。
3.q2view
刪除某些邏輯來限制某些請求的發生，這些檢查旨在作為尚未解決的更廣泛的工作計劃的一部分。
4.q2cwl
更正了阻止q2cwl處理primitive union類型的錯誤。q2cwl可以再一次將所有QIIME 2操作呈現為CWL工具(注意：此QIIME 2介面不是標準分發的一部分，此時必須單獨安裝)。
5.q2-emperor
• 向biplot可視化工具添加了–p-invert標誌，它允許您切換箭頭和點(對於探索微生物代謝物數據很有用)。
• 將依賴項更新為最新版本的Emperor（1.0.0）
• 修復了無法為繪圖生成SVG圖例的錯誤。
• 修復了導致類別表僅在調整窗口大小時更新的錯誤。
• 修復了更改可見尺寸時會創建重複軸的錯誤。
6.q2-sample-classifier
• 修復了在ArtifaceAPI中多次執行時會導致重複繪製混淆矩陣圖例的圖形故障。
• 清理了熱圖可視化工具，以便更好地處理各種矩陣大小！
• 優化和模組化的單元測試。
• 添加了類型檢查，以更改confusion_matrix 預測值的數據類型，使其與真實值的數據類型相匹配。
7.q2-demux
向emp-single/emp-paired無法映射任何讀取時發生的錯誤添加了附加建議(修改新的Golay校正參數)。
8.q2-feature-classifier
• 創建了一條更好的錯誤消息，用於在classfy-skLearning耗盡記憶體時(這是一種常見情況)。
• 添加了新的extract_reads參數：read_orientation！這允許用戶指定引物相對於序列的方向。
• classify-consensus-vsearch
classify_hybrid_vsearch_sklearn
這兩個添加了maxhits, maxrejects, output_no_hits和weak_id 參數。
9.q2-phylogeny
• 添加了流程Align-to-tree-mafft-iqtree 和Align-to-tree-mafft-raxml 。它們類似於align-to-tree-mafft-fasttree，但使用IQ-tree/RAxML進行系統發育推斷。–parttree選項僅添加了align-to-tree-mafft-fasttree和align-to-tree-mafft-raxml流程。該選項解決了要求比對超過一百萬次讀取的情況。
• [前面已提及]已將幾個方法方法的n_thread和n_cores參數的允許值從Int%Range(0，None)改為Int%Range(1，None)| Str%Choices([『auto』])。這不允許使用值0來指定自動執行緒/核心數，相反，用戶應該使用值auto。
10.q2-dada2
修復了denoise_paired方法中的描述文本，以反映新的最小12 nt重疊，而不是舊的20 nt要求。 這項更改不是新變化，我們只是忘記了更新幫助文本！
11.q2-deblur
修復了導致q2-deblur在某些樣本ID架構上爆炸的回歸。
12.q2-types
• 修復阻止使用CasavaOneEightLanelessPerSampleDirFmt格式的錯誤。
• 改進在DNAFASTAFormat中發現無效字元時的錯誤消息
13.q2-longitudinal
修復成對差異操作中的錯誤，該錯誤阻止用戶在沒有組間差異時生成t值。
14.q2-composition
修復了一個小錯誤，該錯誤導致ancom可視化滑鼠懸停中斷。
15.q2-quality-control
添加了與vsearch一起使用的新exclude_seqs參數：left_justify！如果成對alignment以gap開頭，則允許用戶拒絕匹配。
16.qiime2.org
添加了指向我們社區行為準則的鏈接！
17.雜項
• 更新了QIIME 2項目存儲庫的許可證和版權頭，以反映新的一年！
• 將最新版本的matplotlib引入標準發行版！
QIIME-ing快樂！
之前的幾次更新在這裡：
3. QIIME 2 2019.4更新學習筆記
5. QIIME 2 2019.1更新學習筆記
6. QIIME 2 2018.11發布學習筆記
References
[1] https://docs.qiime2.org/2020.2/
[2] https://forum.qiime2.org/
[3] https://forum.qiime2.org/t/qiime-2-2020-2-is-now-available/13822
