初識OXFORD NANOPORE

• 2020 年 3 月 3 日
• 筆記

最近開始學習一下牛津納米孔測序的相關知識，記錄一下：

參考自： 1.牛津納米孔中國商店 https://nanopore.yilimart.com/ 2.陳巍學基因公眾號推文：Nanopore測序 3.還發現了微微悅明公眾號的兩篇推文：關於實驗操作和坑

1. 測16S的問題（採購這個試劑盒不需要自己合成引物了）

16S條碼試劑盒裡含有12 對 條形碼和5´末端標籤的特異性16S引物，可以直接用來pcr，比通用的pcr條碼試劑盒少了個末端製備的過程。後面AI軟體可以進行barcode的樣品拆分。條碼和5´末端標籤有助於在無連接酶的情況下連接快速測序接頭。

使用含有條形碼和5´末端標籤的特異性16S引物（27F和1492R），通過PCR對DNA進行擴增。以上所述的條碼和5´末端標籤有助於在無連接酶的情況下連接快速測序接頭（Rapid Sequencing Adapters）。該試劑盒含有12對帶條形碼的引物. 使用EPI2ME 16S-BLAST工作流程可以對16S實驗方案的數據進行分析。利用 Albacore 和 EPI2ME 能夠對條形碼標記的測序數據進行去卷積（或反卷積， deconvolution）分析，通過對條形碼序列進行分類，並將讀長分類到其對相應的文件夾中。

2.兩個啟動套裝的區別

如果選擇快速測序套裝，不需要末端裋和加A，無需這些試劑，也無需純化，使用試劑盒裡的轉座酶，可同時切割模板分子並將標籤貼附到切割末端。通量大概比連接試劑盒小了20%。要獲得超大片段確實要求輸入片段儘可能大。如果要求不高的話可以選擇快速測序套裝，可以省去NEB的試劑。說明書上說快速測序套裝同樣可以獲得大片段。「使用此試劑盒仍可以得到較長的讀長。然而，若需在測序中觀察到長讀長，則起始樣本中必須存在長片段。」

其實就是兩種建庫方式，一種是轉座酶建庫，另一種是末端補平，加A，然後加接頭。前者只需要10分鐘即可完成。