qiime2-2019.1更新學習筆記
- 2020 年 3 月 3 日
- 筆記
QIIME2 2019.1發布啦，繼續緊跟步伐，看看更新了哪些內容，一併備忘。
這個發布生版本主要針對更新依賴環境，升級到了Python 3.6，一個新的 r-vegan Adonis visualizer，修復了一些小bugs，虛擬機鏡像和新的預訓練分類器立馬可得。後面qiime2的發布節奏會是這樣的：
QIIME 2 2019.4
QIIME 2 2019.7
QIIME 2 2019.10
下面看一下這次發布有哪些亮點：
QIIME 2 Framework
qiime2環境用上了最新版的scipy, numpy, pandas, and matplotlib包。
文檔
更新了Atacama 教程的參考文獻
Library
針對軟體開發者的bug修復。
q2cli
糾正當使用qiime tools export導出時的跨設備鏈接錯誤，一般是由於/tmp掛載在一個不同的文件系統導致。
q2-longitudinal
更新了插件引用以反映最終發布狀態。
q2-types
1)在使用元數據對象的QIIME2操作中，FeatureTables可以在qiime2中用作元數據。確保您輸入的表格方向正確！FeatureTables的默認方向支援將其用作示例元數據。使用新的轉置操作(見下文)將FeatureTables用作feature元數據。
2)已更新用於確保AlphaDiversityFormat文件性能良好的驗證器。此格式現在遇到問題時返回一條明確的錯誤消息。
q2-feature-classifier
兩個class-consensus-*方法現在都有一個query_cov參數，可以根據查詢覆蓋率篩選對齊結果。
q2-feature-table
添加了一個新方法(Transpose)，該方法允許您轉置FeatureTable[Frequence]的行和列.
q2-gneiss
修復了ilr-phylogenetic中的一個錯誤，其中不匹配的表和樹會引起錯誤。
q2-diversity
1)修復了在某些環境中導致錯誤檢測可用核心數量的錯誤，該錯誤在一些方法中會導致虛假錯誤。
2)添加了一個新的可視化工具Adonis，它包裝了Vegan1R包中的Adonis功能。此可視化工具執行Adonis(又名Adonis)。PERMANOVA)測試。與Beta-Group-Implementation操作不同，Adonis可以執行多路PERMANOVA測試，並且可以對數值變數進行操作。它不生成圖或執行成對測試，因此β組顯著性操作仍然是單向PERMANOVA測試的最佳方法。
q2-metadata
修復了表格中的UI錯誤，呈現的表格現在可以更清楚地指示哪個列排序小部件屬於哪個列標籤。
相關項目
iTOL增加了對FeatureData[AlignedSequence]的QZA的支援。當放置到iTOL樹上時，這些樹將自動創建多序列比對數據集。請注意，圓形或無根模式不支援iTOL中路線的顯示。
