ifort + mkl + impi （全套intel）編譯安裝量子化學軟體GAMESS 2022 R1版本

• 2022 年 9 月 5 日
• 筆記
• gamess, linux, 科研, 計算物理, 量子化學

• 說明：linux下編譯軟體都需要先配置好該軟體依賴的系統環境。系統環境可以通過軟體的安裝說明了解，例如：readme.md等文件或網頁。這個前提條件很重要！後面正式編譯出錯基本都可以歸結到系統環境配置不對！

• 獲取軟體：GAMESS 官網：//www.msg.chem.iastate.edu/GAMESS/download/register/，按提示通過郵箱申請獲取，注意對郵箱後綴有限制，大概一到兩天會有回復。

• 配置環境：

  配置的系統環境所需軟體都從intel官網下載。

  • ifort ：

    • 下載軟體：//www.intel.cn/content/www/cn/zh/developer/articles/tool/oneapi-standalone-components.html#fortran

    • 運行：bash l_xxx.sh

    • 按提示選擇回車

    • 配置環境變數：export PATH=$PATH:/home/t/intel/oneapi/compiler/2022.1.0/linux/bin/intel64

    • 查看版本及測試ifort：ifort –ersion 輸出了版本年號就說明安裝完成。這個版本號在後面的配置編譯時被需要。

  • mkl：

    • 下載軟體： //registrationcenter-download.intel.com/akdlm/irc_nas/18483/l_onemkl_p_2022.0.2.136_offline.sh

    • 運行：bash l_xxx.sh

    • 按提示選擇回車

  • impi：

    • 下載軟體://registrationcenter-download.intel.com/akdlm/irc_nas/18714/l_mpi_oneapi_p_2021.6.0.602_offline.sh

    • 運行：bash l_xxx.sh

    • 按提示選擇回車

  • 激活intel系統環境變數：

    在intel/oneapi目錄下，bash setvars.sh

• 安裝編譯GAMESS

  • 解壓 tar -zxf gamess-xx.tar.gz

  • 進入 cd gamess

  • 配置 ./config

    按照提示操作，輸入相應內容，然後按回車鍵！下面是需要輸入的部分留意回車後的提示

    • 輸入名字：linux64（一般）回車

    • 程式版本號：選擇默認的00,則直接回車。可以自設版本號。

    • fortran選取：ifort 回車

    • ifort版本： 提前通過 ifort –version 獲取，本文用的ifort是2021的，所以就填 21 回車

    • 數學庫選取：mkl 回車

    • mkl路徑：如果intel環境變數已經激活這裡會自動找到mkl的路徑，直接回車就ok！如果沒有激活則要手動輸入mkl路徑，再回車。建議提前激活好。

    • 按提示輸入：procced 回車

    • 並行類型選擇：sockets

    • 後面提示安裝其他庫：可根據自己需要填入yes 或 no ，本文所裝全部填的no

  • 編譯：參照解壓後的文件夾下有一個README.MD文件

    • make ddi

    • make modules 載入模組

    • make -j 16 gamess -j參數可自設用於加速編譯

  • 完成以上操作就會在gamess文件下生成 gamess.00.x 文件

  • 測試前準備：修改gamess文件下的rungms文件

    • 創建文件夾：mkdir src 此文件用於存放gamess運行過程中的中間文件。非必要但建議創建！

    • 修改三處，就在rungms文件的非注釋部分的頭部從第2到到第4行改為自己的gamess實際路徑。

      原：

      set SCR=~/gamess/restart set USERSCR=~/gamess/restart set GMSPATH=~/gamess

      改為：

      set SCR=~/xxx/gamess/src set USERSCR=~/xxx/gamess/src set GMSPATH=~/xxx/gamess

      註：xxx為自己安裝的實際路徑(通過pwd可查看！)

  • 測試：

    • 在gamess文件夾下：./runall 00 此處一共測試48個例子。

    • 如果執行了上面命令，馬上就結束了，應該就是出錯了！可以通過查看一個例子的運行記錄，找到出錯原因！如：cat exam01.log9(完整按以上步驟操作應該不會出錯，但電腦環境不同也不一定！)

  • 使用：gamess通過rungms這個腳本進行計算

    • 可以將rungms加入到.bashrc中,如下：

      在.bashrc中加入如下內容：

      export GAMESS=~/xxx/gamess/rungms

      alias gamess=’~/xxx/gamess/rungms’

      然後 source .bashrc

      使用時：GAMESS exam01.inp 00 2

    • 使用時定位到rungms所在的目錄(推薦)：

      ~/xxx/gamess/rungms exam01.inp 00 2

      其中：eaxm01.inp 是輸入文件 ； 00是版本號，之前編譯安裝時輸入的數字，默認就是00 ； 2 是並行核數

  • 後記：

    • 更多gamess使用，將會在後續更新。

    • 引用轉載請註明出處！

    • 本文由@zhangY 創作於2022.09.05。