4DGenome:染色質相互作用資料庫

• 2019 年 12 月 20 日
• 筆記

4DGenome是一個染色質相互作用資料庫，採用了文獻檢索和軟體預測兩種手段來得到染色質相互作用，收錄了來自5個不同物種共7百多萬條互作記錄，網址如下

https://4dgenome.research.chop.edu/

涵蓋的5個物種列表如下

1. Homo sapiens(hg19)
2. Mus musculus(mm9)
3. Drosophila melanogaster(dm3)
4. Plasmodium falciparum(3D7)
5. Saccharomyces cerevisiae(sacCer3)

該資料庫中收錄的染色質互作資訊來源於以下多種技術手段

1. 3C
2. 4C
3. 5C
4. Capture-C
5. ChIA-PET
6. Hi-C
7. IM-PET

不同物種和不同技術手段對應的數量顯示如下

輸入基因組區域或者基因名稱，都可以檢索相關資訊，檢索框示意如下

檢索結果如下所示

點擊Details可以查看詳細的互作資訊，InteractorA和InteractorB給出了互作的兩個染色質區域的位置資訊，Agene和Bgene表示與互作區域存在overlap的基因名稱, Contact Frequency表示互作頻率，LInk鏈接的是pubmed資料庫，可以查看對應的具體文獻。

通過該資料庫，可以檢索多個物種的染色質互作資訊。