使用pyGenomeTracks可視化hi-c數據
- 2019 年 12 月 19 日
- 筆記
可視化是數據分析中非常重要的一個環節，對於NGS分析數據的可視化，最常用的就是各種基因組瀏覽器了，既有UCSC, GBrowse等基於web的基因組瀏覽器，也有igvtools等本地化的圖形介面軟體。對於Hi-C數據，在前面的文章中也介紹過基於web的WashU Epigenome Browser基因組瀏覽器和本地化的juicebox軟體。
熟練掌握其中一個軟體的用法就可以滿足大部分的需求了，但是作為一個生信分析的極客，總感覺還是需要一款命令行工具來提高效率。python和R都擁有非常強大的可視化能力，今天介紹一款基於python語言的軟體pyGenomeTracks, 一款原汁原味的命令行工具，擁有和基因組瀏覽器相同的展現形式，網址如下
https://github.com/deeptools/pyGenomeTracks
該軟體支援可視化以下幾種資訊
- bigwig
- bed
- bedgraph
- links
- Hi-C matrices
採用該軟體可視化的效果圖如下
和基因組瀏覽器一樣的展現形式，每一層為一個track。該軟體採用配置文件的形式來配置需要展示的文件資訊，每個需要展示的文件和對應的參數都寫在一個標籤下，具體寫法如下
1. bigwig
2. bedgraph
3. hic
除此之後，還有x-axis和spacer等標籤，分別對應x軸和兩個tracks之間的空格區域。下方如下
[spacer] [x-axis] where = top
編輯好配置文件之後，就可以運行了，用法如下
pyGenomeTracks --tracks tracks.ini --region chr2:10,000,000-11,000,000 --outFileName output.pdf
tracks參數指定配置文件的名稱，region參數指定需要可視化的基因組區域，outFileName參數指定輸出文件的名稱。為了達到美觀的效果，有許多的參數需要調整，更多細節請參考官方文檔和示例。
一個hi-c數據可視化的效果圖如下
通過該軟體，可以高效的展示hi-c數據。
