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3CDB:基於3C技術的染色質互作資訊資料庫

  • 2019 年 12 月 19 日
  • 筆記

3CDB是一個染色質空間互作的資料庫,根據特定的關鍵詞從pubmed資料庫中進行文獻檢索,查找基於3C技術研究染色質互作的文獻,並從中提取染色質互作資訊,對應的文章鏈接如下

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4831724/pdf/baw044.pdf

資料庫網址如下

http://3cdb.big.ac.cn/index.jsp

收錄了來自17個物種,共3319個染色質片段互作資訊。不同物種數據量分布如下

3C實驗涉及到的DNA內切酶分布如下

通過首頁的Data Browser菜單,可以從以下四個方面瀏覽該資料庫中的內容

  1. Species
  2. Cell line
  3. Enzyme
  4. Gene

以物種為例,介面如下所示

點擊物種對應的Locus, 可以查看具體的互作資訊列表,結果示意如下

點擊第一列的編號,可以查看詳細資訊,示意如下

給出了對應的細胞系,內切酶,引物,文獻等詳細資訊。該資料庫中的資訊是可以免費下載的,鏈接如下

http://3cdb.big.ac.cn/pages/download.jsp

通過該資料庫,可以獲得高可信度的染色質互作資訊。