Hi-C Data Browser:Hi-C數據瀏覽器

2019 年 12 月 19 日
筆記

Lieberman-Aiden等人利用Hi-C技術研究了人淋巴母細胞的三維結構，首次提出了A/B compartment的概念，文章發表在science上，標題如下

Comprehensive Mapping of Long-Range Interactions Reveals Folding Principles of the Human Genome

pubmed的鏈接如下

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2858594/

對於該文章中涉及到的hi-c數據，專門開發了一個網站用於檢索和查看，網址如下

http://hic.umassmed.edu/heatmap/heatmap.php

通過頂部下拉框，選擇不同的資料庫進行查看，示意如下

cell line用於選擇細胞系，提供了K562和GM06690兩種細胞系的數據，x-axis和y-axis用於選擇需要展示的染色體名稱，Resolution指定解析度，Data Type指定數據類型，是歸一化之後的數據還是原始數據，或者是相關性的結果，Color Range指定顏色的映射範圍，選擇好數據之後，點擊View窗口可以查看某兩條染色體間的相互作用圖譜。

通過這個功能，可以方便的比較不同觀測值的hi-c圖譜情況，1號染色質內部的互作圖譜示意如下