使用OncoLnc進行TCGA生存分析

• 2019 年 12 月 19 日
• 筆記

通過收集整理TCGA中不同腫瘤患者的生存數據和基因表達譜資訊，OncoLnc提供了一個生存分析的web服務，對應文章的鏈接如下

https://peerj.com/articles/cs-67/

網址如下

http://www.oncolnc.org/

OncoLnc收集了TCGA中21種腫瘤，共8647個病人的生存數據，以及對應的mRNA和miRNA的表達譜數據。同時收集了來自MiTranscriptome項目lncRNA表達量數據，從而提供了包含mRNA，miRNA，lncRNA 3中基因的生存分析，可以方便的挖掘各種腫瘤中和生存相關的基因。

用法非常的簡單，示意如下

1. 選擇感興趣的基因和腫瘤

在首頁的搜索框中輸入需要查詢的基因，可以是entrez ID, 也可以是gene symbol。以TP53為例，示意如下

點擊submit按鈕，可以看到事先用cox回歸計算好的生存分析結果，示意如下

選擇感興趣的腫瘤，可以進一步進行KM生存分析。

2. 輸入樣本分組

為了探究基因和生存的相關性，這裡根據基因表達量的大小將樣本分為high和low兩組，自己指定每組的比例，加起來是100%， 示意如下

上圖中設置兩組的比例都是50%，根據該基因的表達量從低到高排序，前50% 定義為地表達組，後50%定義為高表達組，示意如下

3. KM生存分析

確定好分組之後，點擊submit, 就可以得到如下所示的生存分析結果

通過OncoLnc可以方便的進行TCGA數據的生存分析，快速的查看多種腫瘤中與生存相關的基因。