HiGlass:高度訂製的Hi-C數據可視化應用

  • 2019 年 12 月 19 日
  • 筆記

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HiGlass是一個hi-C數據可視化的web應用,參考UCSC基因組瀏覽器和juicebox中數據的展示形式,運用D3.js等流行的可視化框架對數據進行展示,基於web技術提升了用戶的交互體驗,缺點就是需要搭建過程比較繁瑣。網址如下

http://higlass.io/about

和其他基因組瀏覽器類似,將每種需要展示的資訊定義為tracks, 提供了一下不同的展現形式

下列網址是一個demo網站,展示了HiGlass的各種視圖

http://higlass.io/

1. single view

單個視圖窗口,用於展示單個hi-c圖譜,基本展現形式如下

用熱圖的形式展現hi-c圖譜,允許通過滑鼠進行縮放,或者通過搜索框指定基因組區域。

2. two linked views

相互關聯的兩個窗口,兩個窗口展示的基因組區域是同步的,可以方便的比較兩個Hi-C圖譜的異同,示意如下

3. genome browser-like view

像基因組瀏覽器一樣展示數據,示意如下

當然還有更多的展現形式,綜合運用各種views, 可以靈活的進行訂製,創建出很多高大上的展現形式,下面網址是一些示例

http://higlass.io/examples

通過編輯配置文件,可以對可視化的數據和形式進行精細的調整,比如下圖中修改熱圖的配色等

HiGlass的使用門檻較高,但是其展示形式更加多樣,生成的效果圖也更加美觀,是一款hi-c數據可視化的利器,更多用法請參考官方文檔。

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