HACER:human增強子資料庫
- 2019 年 12 月 19 日
- 筆記
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大多數的增強子資料庫利用chip_seq,DNase_seq和CAGE_seq的數據來鑒定增強子, HACER則通過GRO_seq和PRO_seq來分析增強子RNA，從而達到鑒定已經激活的增強子的目的。對應的文章發表在Nucleic Acids Research上，鏈接如下
https://academic.oup.com/nar/article/47/D1/D106/5106142
與其他增強子數據相比較的情況示意如下
該資料庫的網址如下
http://bioinfo.vanderbilt.edu/AE/HACER/
對於鑒定到的增強子區域，該資料庫同樣提供了以下3種調控關係
- TF-Enhancer
- Enhancer-target gene
- Enhancer-promoter
同時對於增強子對應的基因組區域，還提供了該區域內的GWAS SNP和eQTL 變異位點資訊，圖示如下
由於增強子的組織和細胞特異性，在該資料庫中通過Browser菜單，可以瀏覽不同細胞系中的增強子資訊，示意如下
勾選感興趣的細胞系前的單選框進行查看，以GM12878為例，檢索結果示意如下
點擊增強子ID,可以查看詳細資訊, 以AE_hg19_GM12878_20878`為例，結果如下所示
1. Basic
2. TF binding
3. Target Gene
4. GWAS
5. eQTL
該資料庫中的資訊是免費下載的，通過該資料庫，可以方便的探索增強子，TF, 基因的調控網路，還可以結合突變資訊，將基因組和轉錄調控多層次，多組學的數據結合起來使用，對於探究具體的機制提供更多的參考資訊。
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