dbSUPER:人和小鼠中的超級增強子資料庫
- 2019 年 12 月 19 日
- 筆記
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dbSUPER是超級增強子資料庫的開山之作，文章發表在Nucleic Acids Research上，鏈接如下
https://academic.oup.com/nar/article/44/D1/D164/2502575
該資料庫的網址如下
http://asntech.org/dbsuper/
收錄了人和小鼠中的超級增強子資訊，採用了兩種策略來定義增強子
- 從pubMed中收集已發表的，有文獻支援的超級增強子
- 利用從ENCODE, GEO等公共資料庫中下載的H3K27ac chip_seq數據，採用MACS識別peak區域，將p小於10的負9次方的peak作為增強子區，然後採用
ROSE這款軟體來識別超級增強子區
對於human而言，基於hg19版本進行分析，共收錄了來自102種不同細胞/組織共69205個超級增強子;對於mouse而言,基於mm9版本進行分析，共收錄了來自25種不同細胞/組織共13029個超級增強子資訊，圖示如下
將超級增強子上下游50kb範圍記憶體在的基因作為對應的靶基因，基於這種簡單的策略來預測超級增強子的靶基因。整個資料庫構建的pipeline示意如下
通過Browser菜單，可以瀏覽超級增強子數據，示意如下
點擊超級增強子的ID,可以查看下列詳細資訊
1. 基本資訊
2. 關聯基因
3. 軟體參數
4. 序列下載
5. 包含的增強子
除了基本的檢索和瀏覽功能，該資料庫還支援將超級增強子資訊傳遞給其他在線工具，方便下游分析，示意如下
可以通過UCSC基因組瀏覽器查看超級增強子區的reads分布情況，也可以發送給Cistrom, GREAT進行下游分析。
該資料庫只是提供了超級增強子區域的染色體位置等基本資訊，缺乏對超級增強子區域內的其他基功能元件的注釋。
·end·
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