使用TCGAbiolinks進行生存分析

• 2019 年 12 月 19 日
• 筆記

TCGAbiolinks不僅提供了數據的下載功能，還提供了各種各樣的下游分析功能，生存分析是TCGA數據最經典的應用場景之一，通過TCGAbiolinks可以輕鬆實現生存分析。

在進行生存分析之前，首先要得到患者的臨床數據。在之前的文章中介紹了通過GDC來下載臨床數據的方法，在GDC中臨床數據有兩種形式

1. XML 每個樣本的所有臨床資訊以XML的格式進行存儲，該文件中包含的臨床資訊是最為全面的
2. TSV/JSON 將需要下載的數據添加到GDCcart之後，可以選擇下載tsv或者json格式的臨床資訊，這種方式得到的資訊只是XML中資訊的一個子集，缺點就是不夠完整，但是對於生存分析而言卻是足夠了，而且該文件中患者的生存資訊比XML文件更新的快。

這兩種臨床資訊的下載方式如下

1. TSV/JSON

結果示意如下

2. XML

結果示意如下

此外，還提供了從GDC Legacy Archive資料庫下載臨床資訊的功能，用法如下

在進行生存分析時，更推薦使用TSV/JSON格式的生存資訊，更新的更加及時，具體用法如下

結果如下所示

通過TCGAbiolinks可以方便的提取TCGA中的臨床資訊進行生存分析。