實驗室工作站jupyterhub安裝筆記

2019 年 10 月 13 日
筆記

本篇文章為實驗室工作站的jupyterhub安裝配置筆記，由於軟硬體等各種區別，安裝過程難免有所區別，僅供大家參考。

實驗室新到一台深度學習工作站，原本想裝一個juoyter notebook直接開干，但是突然想到jupyter不支援多用戶同時使用，因此決定裝一個jupyterhub方便大家使用（雖然目前只有我用）

參考文章：https://www.jianshu.com/p/0285feaa2ba2（文章所使用的命令有稍許拼寫錯誤，以及路徑改變，推薦按照本人筆記進行安裝，若安裝過程遇到其他問題，歡迎在本頁面留言討論）

機器環境：lsb_release -a

Distributor ID: Ubuntu  Description:    Ubuntu 18.04 LTS  Release:        18.04  Codename:       bionic

系統環境配置

ubuntu源配置

首先將ubuntu源切換到速度較快的源，例如清華源

更新

$ sudo apt-get update #從軟體源獲取最新軟體列表  $ sudo apt-get upgrade #根據軟體列表更新本機軟體

然後安裝一下鏈接中提到的這些軟體

$ sudo apt-get -y install git gcc g++ make openssl libssl-dev libbz2-dev libreadline-dev libsqlite3-dev python-dev libmysqlclient-dev

python環境的配置，首先進入root賬戶，以便之後配置的jupyter能夠所有用戶訪問

$ sudo su

安裝pyenv

$ cd /opt  $ git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git pyenv

用vim打開`~/.bashrc`後（`vim ~/.bashrc`），添加如下的配置

export PYENV_ROOT="/opt/pyenv"  if [ -d "${PYENV_ROOT}" ]; then      export PATH=${PYENV_ROOT}/bin:$PATH      eval "$(pyenv init -)"  fi

然後讀取新添加的配置

source ~/.bashrc

通過pyenv來安裝anaconda

$ pyenv install anaconda3-5.3.0

然而由於網路環境原因，這一步始終無法下載，嘗試使用替代方法，先手動從清華anaconda源下載anaconda-5.3.0的安裝包，然後放入pyenv的根目錄（上面配置過）/opt/pyenv，這樣pyenv install就會自動識別到已經下載的安裝包開始安裝

$ cd /opt/pyenv  $ wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-5.3.0-Linux-x86_64.sh  $ pyenv install anaconda3-5.3.0  $ pyenv global anaconda3-5.3.0

利用conda安裝jupyterhub和它使用的notebook

首先將conda切換為清華源（清華開源社區什麼時候來把廣告費結一下）

$ vim ~/.condarc

將內容修改為

channels:    - defaults  show_channel_urls: true  default_channels:    - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main    - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free    - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r  custom_channels:    conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud    msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud    bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud    menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud    pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud    simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud

開始安裝（強迫症表示必須加-v）

$ conda install -v -c conda-forge jupyterhub  $ conda install -v notebook

生成jupyter的配置文件

$ mkdir /etc/jupyterhub  $ cd /etc/jupyterhub  $ jupyterhub --generate-config

jupyter的啟動配置

$ echo jupyterhub -f /etc/jupyterhub/jupyterhub_config.py > jupyterhub.sh  $ echo su -l root /etc/jupyterhub/jupyterhub.sh & >> /etc/rc.local

配置jupyterhub用戶

$ vim /etc/jupyterhub/jupyterhub_config.py #這一步大家注意，後續如果遇到http 500問題的話刪除該jupyter_config.py文件或許會解決，目前我也不清楚是什麼原因

普通用戶

c.Authenticator.whitelist = {'testuser'}

管理員用戶

c.JupyterHub.admin_users = { 'ubuntu' }

啟動jupyterhub

接下來直接啟動jupyterhub就可以使用了

$ jupyterhub

或者使用nphup在後台啟動

$ nohup jupyterhub > jupyterhub.log &

至此安裝完畢，在瀏覽器訪問伺服器ip+埠地址即可使用