【科研貓·繪圖】bar（霸）圖繪製之霸氣滿屏

• 2019 年 10 月 6 日
• 筆記

如果一篇科研論文沒有 bar圖，那它可能就不是一篇合格的科研論文。

很多同學也許會問，bar圖有什麼難的，我科研論文做第一張圖就是bar圖，so~so~easy。

其實bar圖也有很多種的，最大的差別，就是我們家的 bar圖和別人家的bar圖

為什麼別人家的 bar圖可以上CNS，我們家的bar圖match卻只能在一兩分的角落裡畫圈圈呢

當然實驗設計和內容絕對佔99.99%因素，可是縱覽所有高分論文，可以有灌水的文章，卻沒有不好看的圖。很多同學可能遇到這種情況，論文投稿後，reviewer的意見就有：親，圖能否做得更規範（更好看，更美觀）些？

在我們閱讀過的科研論文中，幾乎所有的文章都包含bar圖，因此bar圖可謂是霸氣滿屏，科研一姐。那麼如何繪製一張美麗的bar圖呢，就讓飛飛老師帶領大家一起學習一下吧~

好了，老規矩，我們先講解一下什麼是bar圖。今天給大家演示的Bar圖很簡單，只有兩列，一列是坐標軸內容，一列是數值，非常容易理解。

首先我們先看一下輸入的數據格式，作為示例，我們選取了功能富集分析的結果作為實例練習（聯繫文末胖雨小姐姐，獲取測試數據）。

輸入文件只有三列，第一列是通路的名字，第二列是通路的類型，第三列是富集資訊。在實驗中我們將差異基因進行富集，用來表示差異基因主要集中於哪些通路中，值越高，說明該通路的富集越顯著。

而我們要展示的，就是如何用這樣三列簡單資訊，畫一張不簡單的bar圖。

首先安裝R包，在這裡我們要用到繪圖神器 ggpubr 這個包，教程見http://www.sthda.com/english/articles/24-ggpubr-publication-ready-plots/。另外由於我們的輸入數據是 excel 格式的，所以需要用 openxlsx 這個工具讀取excel 裡面的資訊。

包安裝並載入完成後，我們就開始畫圖啦。第一步讀取excel裡面的通路富集資訊。並查看文件前6行。

從R裡面可以看到，我們文件分為三列，第一列是通路的名字，第二列是通路的類型，類型有三種，分別是 Signaling，Metabolism，Other，第三列是富集的分值，分值越高，說明這個通路越顯著。

然後，就可以開始畫圖啦。X軸為Name，Y軸為Score。

何止是有點丑，簡直不忍直視！

所以，我們需要對這張圖進行美化，做成論文發表的格式，不要給reviewer拒我們的理由。

整容第一步：為各通路著色

這樣看，效果確實好多了。當然，我們通路分為三種類型，而這張圖的通路類型是混合在一起的，所以我們需要對通路的順序進行調整，讓圖看上去更整潔明了。

整容第二步：調整通路順序

這樣看上去就好很多了。事實上，許多文章的圖到這一步就結束了，而這樣的圖，剛好也在reviewer接受的範圍內。

但是，這充其量也只是個淡妝，怎麼能讓 reviewer 眼前一亮呢？我們還需要對圖的顏色和布局進行改進。

整容第三步：調整顏色和布局

在通路中，我們想最先展示 Signaling，然後展示 Metabolism，最後展示不是那麼重要的 Others。所以我們要將 Pathway 這一列改成因子型。同時更改 bar的顏色，讓整體顏色更加協調美觀。

下面是見證奇蹟的時刻！

這個顏色是不是看上去十分高大上~

要知道，這可是The New England Journal of Medicine鍾愛的色彩搭配、時尚穿搭！

當然，整體來看，這張圖還有很多細節不夠（這可能是一個強迫症晚期作圖愛好者的 solo），所以我們修改了坐標軸範圍和邊框，讓bar圖直接呈現出可供NEJM 發表的效果。

恩，讓我們繼續見證奇蹟的誕生(*^▽^*)

這樣的一張 bar 圖，比例合理，表述內容明確，顏色協調，而且風格和 NEJM雜誌很搭哦~ 所以，同學們趕緊來試一試吧，實現頂刊的夢想，從第一張完美bar圖開始！

今天，飛飛老師就跟大家講到這裡，下次我們再講更多漂亮的繪圖。

本期乾貨

Bar圖繪製程式碼&測試數據

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