LncTarD: lncRNA-靶基因调控机制分析神器重磅来袭！

• 2019 年 12 月 17 日
• 笔记

做科研的友友们可能都知道，长链非编码RNA（lncRNA）与人类疾病相关这个事实。虽然lncRNA与疾病的关联已受到广泛关注，但目前缺乏数据库预测lncRNA介导的靶基因调控机制、关键下游靶基因以及与疾病相关的lncRNA的重要生物学功能。那么，今天的神器就是为了解决这些问题的！

首先，打开网站的HOME～

一、快速检索功能

主页上就只看最有用的了！也就是网站的快速检索功能：可以输入lncRNA，疾病名称，生物学功能来实现搜索功能。

二、高级检索功能

点击主页上的“Search”菜单,出现检索条件。

高级检索面板提供了多个选项，可以通过组合不同的关键词，来查询感兴趣的与疾病相关的功能性lncRNA-target调控，包括疾病，功能，药物，lncRNA，靶基因和调控机制。

无论使用快速检索或高级检索，最终都得到一个疾病-lncRNA-taget-调控机制-影响的生物学功能的表格。然后在表格右边点击“More Details”，看看还能提供什么信息。

首先显示的是基于TCGA/GEO数据集的靶基因和lncRNA差异表达情况表。

各种肿瘤中靶基因(CTNNB1)差异表达的箱线图。

各种肿瘤中lncRNA(HOXA11-AS)差异表达的箱线图。

还显示了各个癌种lncRNA-靶基因表达相关性的热图。

最后是lncRNA-靶基因表达关系的散点图，在热图中单击具体癌症类型后即可显示。

三、浏览器检索功能

点击“Browser”，在左上方选择具体疾病，药物，lncRNA，靶基因和调控机制。

例如要浏览与肺癌相关的lncRNA-taget，点击“ DiseaseCategory”（下图中的步骤1），然后选择“癌症”和相应的癌症类型“肺癌”（下图中步骤2、3）。将展示与肺癌有关的lncRNA靶标。如果我们对特定的肺癌亚型感兴趣（例如肺腺癌），单击“肺腺癌”（下图中的第4步）。肺腺癌相关的lncRNA-taget将以表格形式显示（下图第5步），而功能性网络的展示点击步骤6的“Network results”即可。

网络的可视化更加直观地显示疾病中lncRNA-taget的调控网，包括lncRNA,调控靶基因的机制，靶基因，其影响的生物学功能和相关药物。

当然也可以以水平或垂直的网络图进行展示。

此外，浏览器页面也提供了lncRNA-taget调控的信息表，和快速检索、高级检索的表格是一样的，也可以点击“More Details”。

四、下载功能

这个就不用多说了吧～

最后，祝愿大家在lncRNA相关的研究中进展顺利，多发paper！关注“百味科研芝士”，后台回复“LncTarD”，获取神器地址吧！

如果你有生信需求，也可以联系小编分析哦！