眼馋Y叔的可视化函数却还想使用DAVID结果肿么办

2019 年 12 月 15 日
笔记

昨天宣传了Y叔的clusterProfiler包的让人眼花缭乱的可视化炫技，见：为R包写一本书（向Y叔致敬）。有趣的是粉丝留言提到：Y叔的图必须以富集出来的对象，比如enrichKK来画，如果是自己准备数据框的话，就不行，不知道作者有没有好的建议？

实际上，我很能理解粉丝的心情，确实就这么一个数据集，使用Y叔的clusterProfiler包的结果不满意，就不得不使用在线网页工具：Functional Annotation Tool DAVID Bioinformatics Resources 6.8, NIAID/NIH ，反正也是是可以做GO/KEGG数据库注释（通常就是超几何分布检验啦）的，只需要用户上传自己拿的的基因集就可以，大大的方便了生物学家对数据库的使用。

但是DAVID工具拿到的是分析结果，导入R也是一个数据框，的确不符合Y叔各种可视化函数的输入要求。这个的确大部分初学者是无法解决的，那么我写这个教程就意义重大了。

首先查看Y叔自己的可视化函数要求的对象

具体可视化函数见：为R包写一本书（向Y叔致敬），我这里直接使用示例数据啦，代码如下：

library(clusterProfiler)  data(gcSample)  enrichKK <- enrichKEGG(gcSample[[1]])  enrichKK  class(enrichKK)

可以看到，这个enrichResult对象，里面的东西还蛮多的！

这个对象，当然是可以被Y叔自己的可视化函数进行绘图的啦。

简单谷歌就可以看到该对象的详细信息：https://www.rdocumentation.org/packages/DOSE/versions/2.10.6/topics/enrichResult-class

但是我们提到过，后续的可视化函数，其实重要的就是超几何分布检验后的结果表格而已，你采用DAVID工具拿到的是分析结果，导入R也是一个数据框，并没有本质上区别。

但是数据框毕竟是没办法被可视化函数识别的啊！

> dotplot(enrichKK@result)  Error in (function (classes, fdef, mtable)  :    unable to find an inherited method for function ‘dotplot’ for signature ‘"data.frame"’

毫无疑问的报错！

解决方案其实很简单，把你的数据框转为Y叔自己的可视化函数所需要的这个enrichResult对象，虽然里面的东西很多，但是你只需要包超几何分布检验后的结果表格是对的即可。

x=enrichKK@result  head(x[,1:4])  > colnames(x)  [1] "ID"          "Description" "GeneRatio"   "BgRatio"     "pvalue"      "p.adjust"    "qvalue"  [8] "geneID"      "Count"

可视化本质上要的是这样的结果表格

最好是保证列数目一样哦。

创建S4对象

的大部分人来说，S4对象是绝对的超纲啦，不过，这里我只需要你记住两个函数，而且只需要使用一个函数即可。定义一个S4对象，使用函数setClass ，实例化一个，使用函数new 。

y=new("enrichResult",        result=x)  y  dotplot(y,orderBy ='GeneRatio')

虽然这个时候，我们创造的y这个假冒伪劣的enrichResult对象甚至是错的，但是神奇的事情发生了，出图啦！

是不是很激动啊！

其它对象同理也可以自由创造

你把下面的代码运行一波就明白了，其实就是需要花点时间了解一下作者定义好的对象，然后把相应的数据准备好，使用函数new 构造一下即可。

library(clusterProfiler)  data(gcSample)  x <- compareCluster(gcSample,fun = "enrichKEGG")  p <- dotplot(x, showCategory=10)  p  x  class(x)  # https://www.rdocumentation.org/packages/clusterProfiler/versions/3.0.4/topics/compareClusterResult-class  # compareClusterResult:'data.frame':    56 obs. of  10 variables:  tmp=as.data.frame(x)  # 这里是S4对象，需要掌握两个函数：  # 定义一个S4对象，使用函数setClass  # 实例化一个，使用函数new  y=new("compareClusterResult",        compareClusterResult=as.data.frame(x),        fun='enrichGO')  y  class(y)  dotplot(y, showCategory=10)

每个对象都有它的重点，比如上面的 compareClusterResult ，重点就是多个基因集的结果数据框，如下：

> head(tmp[,1:4])    Cluster       ID                            Description GeneRatio  1      X2 hsa04110                             Cell cycle    18/377  2      X2 hsa05169           Epstein-Barr virus infection    23/377  3      X2 hsa05340               Primary immunodeficiency     8/377  4      X3 hsa04512               ECM-receptor interaction     9/184  5      X3 hsa04060 Cytokine-cytokine receptor interaction    17/184  6      X3 hsa04151             PI3K-Akt signaling pathway    19/184  > colnames(tmp)   [1] "Cluster"     "ID"          "Description" "GeneRatio"   "BgRatio"     "pvalue"      "p.adjust"   [8] "qvalue"      "geneID"      "Count"  >