0499-如何使用潜水艇在Hadoop之上愉快的玩耍深度学习

  • 2019 年 11 月 27 日
  • 笔记

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介绍

Hadoop是时下最流行的企业级开源大数据平台技术，你可以将它部署在本地，也可以部署在云端。而深度学习，对于企业用户来说举几个简单的例子，常见的场景包括语音识别，图像分类，AI聊天机器人或者机器翻译。为了训练深度学习/机器学习模型，我们可以利用TensorFlow/MXNet/Pytorch/Caffe/XGBoost等框架。有时这些框架也会被一起使用用于解决不同的问题。

为了使分布式深度学习/机器学习应用程序易于启动，管理和监控，Hadoop社区启动了Submarine项目，同时还包含一些其它的改进比如GPU支持，Docker容器支持，容器DNS支持，调度改进等。

这些改进使得在Apache Hadoop YARN上运行的分布式深度学习/机器学习应用程序就像在本地运行一样简单，这可以让机器学习工程师专注于算法，而不用担心底层基础架构。通过升级到最新的Hadoop，用户现在可以在集群上直接使用ETL/Streaming作业运行深度学习。这样可以轻松访问同一集群上的数据，从而实现更好的资源利用率。

上图是一个典型的深度学习工作流：数据来自边缘或其它地方，最终会落地到数据湖中。数据科学家可以使用notebook进行探索，创建pipeline来进行特征提取，切分训练/测试数据集，同时运行深度学习的训练作业。这些过程都可以被重复执行。因此，在同一个Hadoop集群上运行深度学习作业可以提高数据/计算资源共享的效率。

让我们仔细看看Submarine项目（它是Apache Hadoop项目的一部分），看看如何在Hadoop上运行这些深度学习工作负载。

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为什么叫这个名字

因为潜艇是唯一可以将人类带到更深处的工具。B-）

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潜水艇概述

Submarine项目包含2个部分：Submarine计算引擎和一套Submarine生态系统集成插件/工具。

Submarine计算引擎从命令行向YARN提交定制的深度学习应用程序（如Tensorflow，Pytorch等）。 这些应用程序与YARN上的其他应用程序并行运行，例如Apache Spark，Hadoop Map/Reduce等。

最重要的是，我们有一套与Submarine集成的生态系统，目前包括：

  • Submarine-Zeppelin integration：允许数据科学家在Zeppelin notebook中编码，并直接从notebook提交/管理训练工作。
  • Submarine-Azkaban integration:允许数据科学家从notebook中直接向Azkaban提交一组具有依赖关系的任务。
  • Submarine-installer: 在你的环境中安装submarine和YARN，以便你更轻松地尝试强大的工具集。

上图示例显示了Submarine，底部是Submarine计算引擎，它是另一种YARN应用程序。在计算引擎之上，它可以集成到其它生态系统，如notebook（Zeppelin/Jupyter）和Azkaban。

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Submarine计算引擎可以做什么？

使用Submarine计算引擎，用户可以提交一个简单的命令来运行单机/分布式深度学习训练作业，并可以从YARN UI直接跳到notebook。所有其它复杂的事情比如分布式运行，都会由YARN负责。我们来看看几个例子。

4.1

像Hello World一样启动一个分布式深度学习训练作业

使用以下命令启动一个深度学习训练作业：读取HDFS上的cifar10数据。这个作业使用用户指定的Docker镜像，与YARN上运行的其他作业共享计算资源（如CPU/GPU/内存）。

yarn jar hadoop-yarn-applications-submarine-<version>.jar job run   –name tf-job-001 –docker_image <your docker image>   –input_path hdfs://default/dataset/cifar-10-data   –checkpoint_path hdfs://default/tmp/cifar-10-jobdir   –num_workers 2   –worker_resources memory=8G,vcores=2,gpu=2   –worker_launch_cmd “cmd for worker …”   –num_ps 2   –ps_resources memory=4G,vcores=2   –ps_launch_cmd “cmd for ps”

4.2

在同一个Tensorboard上访问所有训练作业历史

以下命令启动深度学习训练作业读取HDFS上的cifar10数据。

yarn jar hadoop-yarn-applications-submarine-<version>.jar job run   –name tensorboard-service-001 –docker_image <your docker image>   –tensorboard

在YARN UI上，用户可以通过一个简单的点击就访问tensorboard：

4.3

为数据科学家准备的云notebook

想在GPU机器上用notebook编写算法吗？ 使用Submarine，你可以从YARN资源池获取云notebook。

通过运行以下命令，你就可以获得一个notebook，包括8GB内存，2个vcores和4个GPU，都是来自YARN上的资源。

yarn jar hadoop-yarn-applications-submarine-<version>.jar job run   –name zeppelin-note—book-001 –docker_image <your docker image>   –num_workers 1   –worker_resources memory=8G,vcores=2,gpu=4   –worker_launch_cmd “/zeppelin/bin/zeppelin.sh”   –quicklink Zeppelin_Notebook=http://master-0:8080

在YARN UI上，一个点击就可以直接访问notebook。

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Submarine生态系统的周边项目

Hadoop Submarine的项目目标是为数据（数据采集，数据处理，数据清洗），算法（交互式，可视化编程和调优），资源调度，算法模型发布和作业调度提供深度学习算法的服务支持功能。

通过与Zeppelin整合，可以解决数据和算法。Hadoop Submarine同时还会与Azkaban整合解决作业调度的问题。三件套工具集：Zeppelin + Hadoop Submarine + Azkaban将提供一个开放且随时可用的深度学习开发平台。

5.1

Zeppelin与Submarine的集成

Zeppelin是一款支持交互式数据分析的web端notebook。你可以使用SQL，Scala，Python等来进行交互式的开发。

在完成机器学习模型训练之前，你可以使用Zeppelin中的20多个解释器（例如Spark，Hive，Cassandra，Elasticsearch，Kylin，HBase等）在Hadoop中收集数据，清洗数据，特征提取等。也即数据预处理过程。

我们提供Submarine解释器，以支持数据科学家在Zeppelin中进行开发，并直接将训练作业提交给YARN，然后通过notebook获得结果。

5.2

在Zeppelin中使用Submarine解释器

你可以在Zeppelin中创建一个submarine notebook。在notebook中输入 '%submarine.python'，并开始使用python编写TensorFlow。

zeppelin submarine interpreter自动将算法文件合并为几个部分，并将它们提交给submarine计算引擎执行。

在notebook中点击“YARN LOG”超链接，可以打开YARN管理页面并查看任务的执行情况。

在YARN管理页面中，你可以打开自己的任务链接，查看任务的docker容器使用情况以及所有执行日志。

有了这个强大的工具，数据科学家不需要了解复杂的YARN或如何使用Submarine计算引擎。提交Submarine训练作业就像在notebook中运行Python脚本一样。最重要的是，用户不需要更改自己的应用程序就可以直接作为Submarine作业运行。

5.3

Azkaban与Submarine集成

Azkaban是一款易于使用的工作流调度工具，它可以调度在Zeppelin中编写的Hadoop submarine笔记，包括调度单独的笔记或者单独的段落。

你可以在Zeppelin中使用Azkaban的作业文件格式。编写具有依赖性的多个notebook任务。

Azkaban可以在zeppelin中调度这些有依赖性的notebooks

一旦执行了带有Azkaban脚本的notebook，它将被编译为Azkaban工作流程并提交给Azkaban执行。

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Hadoop Submarine安装器

由于分布式深度学习框架需要在多个Docker容器中运行，并且需要能够协调容器中运行的各种服务，同时需要为分布式机器学习完成模型训练和模型发布服务。涉及多个系统的技术问题包括DNS，Docker，GPU，网络，显卡，操作系统内核修改等。所以部署Hadoop Submarine运行环境是非常困难和耗时的。但我们提供了一个安装工具来简化部署，参考：

https://github.com/hadoopsubmarine/hadoop-submarine-ecosystem/blob/master/submarine-installer

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项目状态

Alpha解决方案已经合并到了trunk中，作为Hadoop3.2的一部分，仍然处于积极的开发与测试中，Umbrella JIRA: YARN-8135。Submarine可以运行在Apache Hadoop 3.1+的发布版本中。

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案例分析 – 网易

Netease是Submarine项目的主要贡献者之一。

已有的计算集群状态：

  • 中国最大的在线游戏/新闻/音乐提供商
  • 总共差不多有6000个节点的YARN集群
  • 每天10万个作业，40%是Spark作业。

一个单独的1000个节点的Kubernetes集群(安装了GPU)，用于机器学习

每天1000个ML作业

  • 所有的数据来自于HDFS并且被Spark处理

存在的问题：

  • 用户体验差

没有集成的操作平台，全部通过手动实现算法，提交作业和检查运行结果。效率低且容易出错。

  • 利用率低(YARN任务不能利用这个K8S集群)

不能重复使用已有的YARN集群的资源。

不能集成到已有的大数据处理系统(eg: spark, hive, etc.)

  • 高维护费用(需要管理单独的集群)

我们需要同时维护Hadoop和Kubernetes两套环境，增加了维护成本和学习成本。

网易submarine的部署状态

  • 积极的参与到Submarine社区的开发，在20个GPU节点的集群上验证Submarine。
  • 计划在未来将所有的深度学习工作负载移动到Submarine。

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其他参考

1.Submarine设计文档：

https://docs.google.com/document/d/199J4pB3blqgV9SCNvBbTqkEoQdjoyGMjESV4MktCo0k/edit

2.计算引擎的umbrella JIRA，YARN-8135：

https://issues.apache.org/jira/browse/YARN-8135

3.Submarine生态系统的项目：

https://github.com/hadoopsubmarine/hadoop-submarine-ecosystem

4.2018 Strata Data Conf上Submarine的PPT：

https://conferences.oreilly.com/strata/strata-ny-2018/public/schedule/detail/68289

欢迎参与贡献！

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关于作者

Wangda Tan @ Hortonworks, Engineering Manager of YARN team @ Hortonworks. Apache Hadoop PMC member and committer, working on Hadoop since 2011. Major working field: scheduler / deep learning on YARN / GPUs on YARN, etc.

Xun Liu @ Netease, has been working on Hadoop development for 5 years. Currently in the Netease Hangzhou Research Institute is responsible for the machine learning development team.

Sunil Govindan, Staff Software Engineer @Hortonworks. Contributing to Apache Hadoop project since 2013 in various roles as Hadoop Contributor, Hadoop Committer and a member Project Management Committee (PMC). Majorly working on YARN Scheduling improvements / Multiple Resource types support in YARN etc.

Quan Zhou @ Netease, Senior Big Data Engineer @NetEase, Focusing on Hadoop, yarn, and hive, worked at Cisco since 2013 and joined in NetEase in 2015

Zhankun Tang. Staff Software Engineer @Hortonworks. He’s interested in big data, cloud computing, and operating system. Now focus on contributing new features to Hadoop as well as customer engagement. Prior to Hortonworks, he works for Intel.

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致谢

Thanks for inputs and contributions from Vinod Vavilapalli, Saumitra Buragohain, Yanbo Liang, Zian Chen, Weiwei Yang, Zhe Zhang (Linkedin), Jonathan Hung (Linkedin), Keiqiu Hu (Linkedin), Anthony Hsu.

原文参考：

https://hortonworks.com/blog/submarine-running-deep-learning-workloads-apache-hadoop/

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