做了个简陋的网页娱乐版HLA分型

2020 年 3 月 3 日
笔记

可以用snp芯片数据实现HLA分型，任意的SNP芯片，只要位点数足够即可（几十万）。

由于本人几乎没有前端和后台水平，所以应用相当简陋，请谅解。请把数据命名为邮箱地址.txt,如[email protected]

请选择并上传你的芯片数据文件（及扩展数据，可选）即可完成HLA分型。使用的建站gcloud进行的，配置只有单核1.6G，HLA分型器会耗时30min左右，请耐心等待,结束后以结果以邮件形式发送到你的邮箱。

是采用大神开发的snp2hla进行分型的，具体过程可参考我的博客：https://jiawen.zd200572.com/431.html

snp2hla是大名鼎鼎的Broad研究所开发的，通过snp分型数据来获得HLA分型信息的软件。它的准确度主要依赖于一个尽可能大的，针对特定民族人群的参考数据集。这个网页采用的是2014年发表的东亚人群的参考数据集，部分准确度约为80%。由于不同芯片的数据中HLA区域位点的数目不同，可能获得的结果有n多候选，请悉知。

做这个纯属个人爱好，原始数据和结果将在得出结果后删除。也可以按软件说明自己搞，也挺简单的。

联系邮箱

zd200572#163.com(#->@)

阅读原文即可开始分型。

地址也放在这：https://jiawen.zd200572.com/hla/HLA%E5%88%86%E5%9E%8B%E5%99%A81.html