dbSUPER:人和小鼠中的超级增强子数据库
- 2019 年 12 月 19 日
- 笔记
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dbSUPER是超级增强子数据库的开山之作，文章发表在Nucleic Acids Research上，链接如下
https://academic.oup.com/nar/article/44/D1/D164/2502575
该数据库的网址如下
http://asntech.org/dbsuper/
收录了人和小鼠中的超级增强子信息，采用了两种策略来定义增强子
- 从pubMed中收集已发表的，有文献支持的超级增强子
- 利用从ENCODE, GEO等公共数据库中下载的H3K27ac chip_seq数据，采用MACS识别peak区域，将p小于10的负9次方的peak作为增强子区，然后采用
ROSE这款软件来识别超级增强子区
对于human而言，基于hg19版本进行分析，共收录了来自102种不同细胞/组织共69205个超级增强子;对于mouse而言,基于mm9版本进行分析，共收录了来自25种不同细胞/组织共13029个超级增强子信息，图示如下
将超级增强子上下游50kb范围内存在的基因作为对应的靶基因，基于这种简单的策略来预测超级增强子的靶基因。整个数据库构建的pipeline示意如下
通过Browser菜单，可以浏览超级增强子数据，示意如下
点击超级增强子的ID,可以查看下列详细信息
1. 基本信息
2. 关联基因
3. 软件参数
4. 序列下载
5. 包含的增强子
除了基本的检索和浏览功能，该数据库还支持将超级增强子信息传递给其他在线工具，方便下游分析，示意如下
可以通过UCSC基因组浏览器查看超级增强子区的reads分布情况，也可以发送给Cistrom, GREAT进行下游分析。
该数据库只是提供了超级增强子区域的染色体位置等基本信息，缺乏对超级增强子区域内的其他基功能元件的注释。
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