終極篇：3分鐘搞定GO/KEGG功能富集分析-柱狀圖

• 2019 年 10 月 6 日
• 筆記

在乾貨預警：3分鐘搞定GO/KEGG功能富集分析（2），給大家詳細講解了DAVID網站的使用，通過分步操作，帶領大家學習了使用DAVID工具來進行GO和KEGG分析。今天，我們重點講解如何將DAVID中的功能富集的結果轉換成正式的Figure，有請小獵豹。

多圖&多視頻預警，輕點可看詳細內容

在乾貨預警：3分鐘搞定GO/KEGG功能富集分析（2）文章的結尾，我們得到了一個基因列表的功能富集結果（如下圖所示）。但如果想把結果最展示在文章中（箭頭所指），還需要一些繪圖的操作。今天，我們就重點來講解 如何將DAVID中的功能富集的結果轉換成正式的Figure。

閱讀文獻時，大家遇到最多的就是柱狀圖（一般是水平柱狀圖），柱子的高低與p-value相關，柱子越高則越顯著。我也問過很多人，喜歡哪種圖片來展示功能富集的結果，曾經有人跟我說，特別喜歡那種大大小小的彩點圖……

我想了一下，覺得這位耿直的同學說的應該是高級氣泡圖，想必有不少人見過氣泡圖，卻不知道應該怎麼做，連現成的工具也找不到。那麼，今天的繪圖操作，我們就分為兩部分：柱狀圖 and 氣泡圖，來給大家詳細講講如何通過這兩種圖來展現GO/KEGG功能富集的結果。（由於微信公眾平台對視頻數目的限制，無奈把柱狀圖和氣泡圖分為兩篇講解，需要氣泡圖的同學請關注「科研貓」公眾號查看）

柱狀圖

本文所用的數據即上次演示DAVID操作時所用的數據（大家可以通過識別文末的二維碼，向「折耳貓小姐姐」索取）。話說柱狀圖的製作相當簡單，方法也眾多，比如Excel，Graphpad prism，SPSS，SAS，Matlab，R等眾多軟件，這裡我們就說最簡單實用的—Excel。下面是實戰演示，依舊是分步講解：

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Step1：保存數據。將DAVID的結果保存到我們的本地電腦當中，保存文件我推薦用文本文件，即txt文件。原因是用各種編程語言和軟件處理起來比較方便。怎麼保存呢？非常簡單。在你的電腦文件夾中新建一個空白的文本文件，在結果頁面中點擊「Download File」，進入到結果詳情頁面，然後一次運行幾個快捷鍵即可，Ctrl+A（全選）- Ctrl+C（複製）-打開空白的文本文件- Ctrl+V（粘貼）- Ctrl+S （保存）- 關閉文本文件即可。

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Step2：導入數據。打開Excel，導入數據，將文本文件導入Excel當中。這個步驟相信大家都能操作吧，如果是Windows系統，直接把文件拖過去就好了。為了避免有些時候打開不成功，我們通過「數據」-「自文本」的方法導入數據。

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Step3：數據轉換。在作圖之前的我們需要對數據進行一定的處理。假定我們就按照最常見的水平柱狀圖來做，那麼圖片的x軸就是-log10(P value)，我們需要使用函數把P value轉換一下，需要用到一個Excel當中的函數叫做-LOG10()，同時圖片的y軸是GO term或者KEGG pathway，這些語義詞彙的前綴都帶有GO:xxxxxxx~或者hsa:xxxxxx~，為了讓我們的figure更簡潔明了，我們需要把這些沒用的前綴刪除，怎麼刪掉呢？我們需要用到MID()函數。具體操作如下。

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Step4：繪製圖形。得到轉換好的數據之後，我們就開始作圖啦！一般情況下，GO/KEGG富集出來的結果常規顯示top10或top15的數據，因此我們這裡選擇前10行展現出來。怎麼做呢？這個相信大家都會的，直接Excel中「插入」-「圖表」即可。

詳情：科研貓