R語言代碼相關疑問標準提問

2019 年 10 月 6 日
筆記

關於如何提問，如何高效溝通，其實我們講解了非常多了，比如我一直推崇的郵件交流：如果你希望我回答你的問題，然後也會隨機抽取粉絲提問進行解答：答讀者問第一彈:R裏面差異分析的limma包用法細節。也高度讚揚郭一些提問交流的模式，比如：求助：Zotero中添加Markdown插件失敗

還親自寫了一個提問參考範文：如果這樣問問題，大家可能會更趨向於幫助我，都是非常值得大家學習的，不過對於簡單的R代碼諮詢，主要都是一些ID轉換，字符串操作技巧等等，我這裡還有另外一個提問溝通指南。

如果是提問熱圖

好久之前的學徒問的，他繪製的熱圖，兩個問題，首先顏色不明顯，其次分組那個圖例看不到了，溢出。

我就建議他把數據代碼打包一份，如下：

然後發給我，我解壓後，就可以直接打開Rproj文件，使用那個 run.R 代碼根據他的數據進行圖表復現，如下：

load(file = 'for_cor.Rdata')    library(pheatmap)  pheatmap(m,           annotation_col=ac)  pheatmap(m,show_colnames =F,show_rownames = F,           annotation_col=ac)

發現真的如他所描述的，出圖很詭異，所以我修改了一個參數，就是 border_color ，可以解決熱圖顏色問題，但是無法解決分組那個圖例看不到了，溢出的問題，所以就跟其他學徒討論，發現居然修改分組的名稱可以解決，最後的代碼如下：

pheatmap(m,show_colnames =F,show_rownames = F,           border_color = NA,           annotation_col=ac)  head(ac)  colnames(ac)='group_list'    pheatmap(m,show_colnames =F,show_rownames = F,           border_color = NA,           annotation_col=ac)

最後出圖如下：

就是提問者想要的，一模一樣的！

這樣的溝通就非常高效率，把數據代碼打包一份，我裏面可以重複出來他們的問題所在，根據自己的經驗來幫助提問者。

也不是不可以簡潔

如果你覺得測試數據，代碼，proj文件，再打包起來，會比較麻煩，那麼把你的提問精鍊，抽提出來重點，也是一種方式，比如其實你只是想知道下面的3行的數據框，如何根據第二列的分號這個分隔符進行拆分後變成4列：

我就可以創造性弄出測試數據，直接碼代碼！

options(stringsAsFactors = F)    a=data.frame(x=c('A','B','C'),               y=c('TP53','KCNMA1;RP11-443A13.5','BRCA1'))  a  do.call(rbind,lapply(1:nrow(a), function(i){    x=as.character(a[i,])    return(data.frame(sample=x[1],                      gene=unlist(strsplit(x[2],";")[[1]])))  }))

可以看到，之前的一行就被拆分成為了2行