生信第一步-購買騰訊雲服務器搭建自己的生信分析環境

• 2020 年 4 月 2 日
• 筆記

但是沒實實在在的操練過。

現在因為疫情，就不去實驗室了，小命要緊，居家辦公，筆記本就不夠看了。一遍操練下來，發現光看不練完全沒用。。。學了不操練，等於沒學。買服務器這一步我就不寫了，直接進入正題。

一.騰訊雲服務器-構建生信分析環境

01.硬盤設置

掛載數據盤，我先買了200G的雲數據盤，暫時夠用，手動掛載後，需要進入服務器，再次進行掛載

   df -h # 服務器原始的狀態  

服務器原始狀態

   sudo fdisk -l  

掛載1

   sudo mkfs.ext4 /dev/vdb1   ls /home/   sudo mv /home/* /tmp/   sudo mount /dev/vdb1 /home/   sudo mv /tmp/ubuntu/ /home/     # 設置自動掛載數據盤，這樣關機或者重啟後，就不需要再次掛載   sudo ls -l /dev/disk/by-id   # 查看數據盤的id   sudo cp -r /etc/fstab /home/   ls /home/   sudo vi /etc/fstab        # 在最後以後寫入如下        # /dev/disk/by-id/virtio-disk-92c3klw1-part1 /home ext4 defaults 0 0       # 退出       sudo mount -a        #  如果以上順利運行，就說明掛載成功了   df -h  

掛載3寫入數據盤id

自動掛載數據盤

02.安裝R語言

二.To install the latest version of R

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/

三.保存後退出

這裡碰到一個問題，系統彈出提示，/usr/local/lib/R/site-library 不能寫入，同時，另外兩個lib，/usr/lib/R/site-library， /usr/lib/R/library 也都不能寫入

三個lib

就按照提示，將包安裝入系統提供的personal library

01.安裝Rstudio以及shiny

這裡碰到一個問題，安裝完rstudio-server及shiny後，無法登錄8787端口及3838端口，完全不能快樂啊！

這裡要特別感謝生信技能樹群里的小夥伴，jimmy、skk、李東野、黯藍、賣萌哥、小潔，在他們的熱心幫助下，解決了這個問題！萬分感謝！問題出在騰訊雲的安全組設置！

rstudio

shiny

開放了端口後，香嗎？亂香！

02.安裝miniconda

1. https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html#macosx-installers
2. 下載 sudo mkdir /home/biosoft cd /home/biosoft sudo wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
3. 安裝 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh # 安裝 source ~/.bashrc # 激活

1. 配置環境變量，創建小環境 conda config --add channels r # 一行一行運行，運行後無提示，即運行成功 conda config --add channels conda-forge conda config --add channels bioconda cat ~/.condarc # 如果安裝成功 conda create -n rna python=3 # 創建一個名為rna的小環境 # 成功後，截圖如下

1. 進入環境，安裝軟件 conda activate rna # 激活 conda install -y bwa gatk4 sra-tools fastqc trim-galore star hisat2 bowtie2 subread htseq multiqc samtools

03.修改一下顯示界面

sudo vi ~/.bashrc    # 在最後插入配置行  # PS1="[33]2;h:u w0733[33;1m]u 33[35;1mt33[0m [33[36;1m]w[33[0m]n[e[32;1m]$ [e[0m]"  # 保存後退出    source ~/.bashrc  

rc配置

♚

OK，到這裡，生信配置就完成了！前前後後、反反覆復，配置一個雲服務器，花了3天的時間，設置自動掛載、尋找源，一個個的解決問題，這還是在有優質的教學視頻的前提下，假如沒有，學習成本還要高得多。

這裡，真的要大力推薦 生信技能樹團隊 的教程， 感謝jimmy等一批無私分享者！對於我們這樣的小白，實在是務必珍貴的資源，希望更多人能夠看到，並從中學習到想要的技能、知識！

參考：

生信技能樹公眾號 – 所有的教程都值得仔仔細細的學習

R官網教程

https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README.html#secure-apt

Rstudio官網教程

https://rstudio.com/products/shiny/download-server/ubuntu/

https://docs.rstudio.com/ide/server-pro/index.html#introduction

https://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu/README.html