Aspera下載NCBI和EBI文件

• 2020 年 4 月 1 日
• 筆記

Aspera下載和安裝

Aspera下載： http://downloads.asperasoft.com/connect2/。

wget http://d3gcli72yxqn2z.cloudfront.net/connect/bin/aspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.tar.gz  tar zxf aspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.tar.gz  sh aspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.sh  echo 'PATH=$PATH:~/.aspera/connect/bin/' >> ~/.bashrc  source ~/.bashrc  ascp --help

軟件一般安裝在 ~/.aspera/connect/ 目錄下。

Aspera使用： 使用說明：https://www.internationalgenome.org/faq/how-download-files-using-aspera

Aspera 高速下載 NCBI或 EBI 上的數據：

1.EBI 數據下載：

ascp -T -l 200M -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh     --host=fasp.sra.ebi.ac.uk --user=era-fasp --mode=recv     /vol1/fastq/ERR105/ERR105009/ERR105009_1.fastq.gz ./  #或者  ascp -T -l 200M -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh     [email protected]:/vol1/fastq/ERR105/ERR105009/ERR105009_1.fastq.gz ./

2.NCBI數據下載：

ascp -T -l 200M -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh     --host=ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov --user=anonftp --mode=recv     /sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/ERR/ERR105/ERR105009/ERR105009.sra ./  #或者  ascp -T -l 200M -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh     [email protected]:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/ERR/ERR105/ERR105009/ERR105009.sra ./

主要參數： -v verbose mode 詳細模式，顯示運行記錄 -T 不進行加密。若不添加此參數，可能會下載不了。 -i 免密從SRA和ENA下載的私鑰，為·安裝 aspera 後有在目錄 ~/.aspera/connect/etc/ 下的asperaweb_id_dsa.openssh 文件。 -l 設置最大傳輸速度，一般200m到500m，默認似乎是10m/s的速度，比較慢 -k 斷點續傳，一般設置為值1 -P 用於SSH身份驗證的TCP端口，一般是33001 –host=string ftp的host名，NCBI的為ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov；EBI的為fasp.sra.ebi.ac.uk。 –user=string 用戶名，NCBI的為anonftp，EBI的為era-fasp。 –mode=string 選擇模式，上傳為 send，下載為 recv。

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參考： https://zhuanlan.zhihu.com/p/39387340 https://www.jianshu.com/p/f16ed4c79739 https://ngs-data-for-pathogen-analysis.readthedocs.io/zh_CN/latest/chapter_01/01_get_data.html https://blog.csdn.net/herokoking/article/details/76530517